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计算子图集群会破坏图 plot

[英]Calculating sub-graph clusters disrupts graph plot

从网络开始,我想:

  1. 简化网络(即消除自环并将其简化为节点至少具有度的最大子图);
  2. 在第 1 点定义的子图上实施集群/社区检测算法(例如“快速贪婪”方法);
  3. Plot 原始网络图并将第 2 点中检测到的集群/社区叠加到它上面。

第 3 点生成的图(根据代码)不令人满意:我希望图 2 建立在图 1 的基础上(将顶点保持在适当位置),并且我希望能够根据社区分配 colors

我该怎么做?

这是 Zachary 的空手道俱乐部网络的玩具示例:

library("igraph")
library("igraphdata")

data(karate)
summary(karate)

plot(karate) ##graph 0

karate_1 <- igraph::simplify(karate,remove.loops = TRUE)
karate_1 <- induced.subgraph(karate_1, vids=which(graph.coreness(karate_1) > 2))

cfg <- cluster_fast_greedy(karate_1)

plot(cfg, karate_1) ##graph 1
plot(cfg, karate, edge.color = "black") ##graph 2

暂无
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