如何从 Julia 中的大矩阵中随机子集矩阵

Question

我有一个大矩阵（28960×45807 Array{Float64,2}），其中行代表 snpID 的个体和列。 现在我想得到一个子集矩阵（28960x4580），从大矩阵中随机选择 snps。 我该如何在 Julia 中做到这一点？

Answer 1

假设您的矩阵是x ：

using StatsBase
@view x[:, sample(1:size(x,2), 4580, replace=false, ordered=true)]

说明：

• 使用@view可以避免数据复制。 可以在此命令中跳过它，但会降低性能
• 冒号:选择所有行的数据，数组切片的第二个参数用于select一堆列
• size(x,2)返回列数
• 我们使用来自StatsBase的sample对列号进行抽样而不进行替换。 此外，我假设您不想更改列的顺序