[英]R: Error says invalid 'type' (character) of argument
我是 R 的新手，我正在尝试使用 TCGA.GTEX 数据集查看肿瘤与正常之间的基因表达差异。 我正在尝试查找所有列的日志折叠变化。
这是我应用的代码：
GELogFoldChanges <- apply(TCGA_GTEX_lung[-7], 2, function(x) log(sum(x[1:1011]/sum(x[1012:1299])))
但是会出现这个错误：
sum(x[1:1011]) 中的错误：参数的“类型”（字符）无效
这个错误是什么意思，我应该如何更正这个代码？
在我看来TCGA_GTEX_lung[-7]中的某些列是字符。 您需要数字来计算总和。 您可以使用代码apply(df, 2, function(x) class(x))进行检查。 如果是这种情况，您可以使用as.numeric()将字符转换为数字。
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apply(df,2,function(x) log(sum(suppressWarnings(as.numeric(x))[1:1011]/sum(suppressWarnings(as.numeric(x))[1012:1299], na.rm = TRUE), na.rm = TRUE)))
在R中创建chisq.test（）时出错-参数的“类型”（字符）无效
[英]error creating chisq.test() in R - invalid 'type' (character) of argument
R 中的列求和错误（参数的“类型”（字符）无效）？
[英]Error with summing columns in R (invalid 'type' (character) of argument)?
使用aggregate（）获取“无效'类型'（字符）参数”错误
[英]Getting “invalid 'type' (character) of argument” error with aggregate()
获取 R 错误（newX [，i]，...）：应用 bestglm（）时参数的“类型”（字符）无效 function
[英]getting R Error in FUN(newX[, i], ...) : invalid 'type' (character) of argument when applying bestglm( ) function
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[英]purrr with linear model in R: invalid 'envir' argument of type 'character'
eval（predvars，data，env）中的错误：类型为'character'的'envir'参数无效
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FUN(X[[i]], ...) 中的错误：带刺的参数的“类型”（字符）无效
[英]Error in FUN(X[[i]], …) : invalid 'type' (character) of argument with stabs
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