在 cooccur-package 中运行“cooccur”function 时出现问题：未定义选择的列

Question

我正在尝试在二进制存在/不存在 dataframe 上运行cooccur() function，但出现以下错误：

r 在[.data.frame (mat, spp, site_mask[spp, ] * site_mask[spp_next, : 未定义的列选择

我无法弄清楚问题是什么。

我的数据看起来像：

	sp1	sp2	sp3	sp4
一个	1	0	0	1
乙	0	1	1	0
C	1	1	1	0
D	0	0	0	1

我使用电话：

library(cooccur)
co <- print(cooccur(data, type="site_spp", spp_names = TRUE)) 

因为我的输入数据是 dataframe，其中列中的物种和行中的站点。

Answer 1

帮助 Astrid 有点晚了，但如果其他人有这个问题 - 使用 package 代码中尚未修复的“site_spp”选项似乎是一个问题。 您可以通过转换矩阵并将其作为“spp_site”运行来解决问题。

因此，在 Astrid 的示例中，这应该有效：

library(cooccur)
t.data<-t(data)
co <- print(cooccur(t.data, type="spp_site", spp_names = TRUE))