stat_pvalue_manually 和 stat_compare_means 与 Tukey HSD

Question

我正在使用 ggpubr 和 ggplot2。首先，我对我的 3 个集群进行了方差分析测试，现在我想通过使用

stat_compare_means 或 stat_pvalue_manually

因为我发现不幸的是，Tukey 测试无法用 stat_compare_means 显示。

谢谢

Answer 1

很久以前有人问过这个问题，但如果有人遇到它，这里有一个iris数据集的例子，因为你的问题中没有显示。 首先，加载显示的三个库。 然后在下一个代码块中拟合方差分析，在数据中用额外的 p 值/xy 位置拟合 Tukey 测试，然后将它们添加为标签，如下所示：

#### Load Libraries ####
library(tidyverse)
library(rstatix)
library(ggpubr)

#### Fit Data ####
fit <- iris %>% 
  anova_test(Sepal.Length ~ Species) %>% 
  add_significance()

#### Run Tukey ###
tukey <- iris %>% 
  tukey_hsd(Sepal.Length ~ Species) %>% 
  add_significance() %>% 
  add_xy_position()

#### Plot ####
ggboxplot(iris,
          x="Species",
          y="Sepal.Length")+
  stat_pvalue_manual(tukey,
                     hide.ns = T)+
  labs(subtitle = get_test_label(fit,
                            detailed = TRUE),
  caption = get_pwc_label(tukey))

结果应该是这样的：