ciscos plot 覆盖错误：轨道索引“11”处的单元格空间不足

Question

我想在马戏团 plot 中覆盖我的 6 个基因组样本的 plot。 我在 R 中的 circlize 库之后执行此操作。 我遵循了以下命令。

df = data.frame（名称 = c（“AAAAa”，“BBBBb”，“T”，“CCCCa”，“E”，“M”，“TTTT6”，“HHHHb”，“OFFF8”，“N”， "rrr10"), 开始 = c(265, 13467, 21562, 25392, 26244, 26522, 27201, 27393, 27893, 28273, 29557), 结束 = c(13468, 21555, 25384, 26220, 264738, 27, 2 27887、28259、29533、29674))。 circos.par("track.height"=0.85,gap.degree=5,cell.padding=c(0,0,0,0)) circos.genomicInitialize(df, tickLabelsStartFromZero = FALSE, major.by = 1000,axis .labels.cex = 0.35 par("cex"), labels.cex = 0.37 par("cex"),)

circos.track(ylim = c(0, 1), bg.col = c("#FF000040", "#00FF0040", "#0000FF40","#FF0000", "#800000", "#FFFF00"," #808000", "#00FF00", "#008000","#00FFFF", "#008080"),bg.border = NA, track.height = 0.05)

当我使用 circos.segment() plot 覆盖中值文件时。 它给出错误：错误：轨道索引“11”处的单元格空间不足。 代码如下：

circos.genomicTrack(data=bed2,panel.fun=function(region,value,...) { circos.genomicLines(region,value,type="l",col="grey50",lwd=0.6) circos.segments (x0=0,x1=max(df$end),y0=100,y1=100,lwd=0.6,lty="11",col="grey90") circos.segments(x0=0,x1=max( df$end),y0=300,y1=300,lwd=0.6,lty="11",col="grey90") },track.height=0.08,bg.border=F)

data= bed2 是一个中位覆盖率为 1000bps 的 bedfile 示例文件是下面的 gicen

V1 V2 V3 V4

1 nnnn1 1 1000 100

2 nnnn1 1000 2000 178

3 nnnn1 2000 3000 40

4 nnnn1 3000 4000 214

5 nnnn1 4000 5000 181

6 nnnn1 5000 6000 117

7 nnnn1 6000 7000 73

8 nnnn1 7000 8000 190

9 nnnn1 8000 9000 126

10 nnnn1 9000 10000 80

11 nnnn1 10000 11000 44

12 nnnn1 11000 12000 144

13 nnnn1 12000 13000 210

14 nnnn1 13000 14000 173

15 nnnn1 14000 15000 178