如何在脚本中更改 object 类型的 snakemake.input/snakemake.output 以创建目录？

Question

我正在尝试使用以下规则在snakemake中使用 python 脚本

rule split_cells:
input:
    base_path + "{sample}_aligned/{sample}Mito.sortedByCoord.out.bam"
output:
    base_path + "{sample}_aligned/Cellular_Mitos/"
conda:
    "DsmPipeline2.yaml" # used for running pysam
script:
    "scripts/split.py"

在脚本中，我希望它创建上面规则中所述的 output 目录。 我尝试通过使用 os.mkdir 创建 snakemake.output 目录来做到这一点。 当我这样做时， os.mkdir 抛出一个错误，指出：

TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not InputFiles

为了解决这个问题，我尝试使用 split.py 中的以下代码将 snakemake.output 的类型更改为 str

import pysam
import sys
import os


print(snakemake.output)
print(type(snakemake.output))
print(type(str(snakemake.output)))
# create the output directory
os.mkdir(str(snakemake.output))

我尝试一直打印类型以诊断问题，并按预期得到以下 output：

/rds/general/user/rest_of_file_path
<class 'snakemake.io.OutputFiles'>
<class 'str'> 

然而 os.mkdir 在检测到类型为 InputFiles 时仍会引发类型错误

TypeError: expected str, bytes or os.PathLike object, not InputFiles  

首先，一般来说，python 术语，如何解释这种行为？ 其次，我如何在snakemake的脚本中实际转换snakemake.input/snakemake.output对象的实例类型，此外，如何让脚本使用这些snakemake对象来创建目录？