在 R 中自动生成 PDF 报告

Question

我有一个 .CSV 文件，其中包括一个 ID 列和几个文本列（故事标题、故事内容）和多项选择题的列（每个问题在不同的列中）。 此外，还有用于数值变量的列（三元图）。

这是 CSV 文件的屏幕截图： CSV 文件

现在我要做的是为每个 ID 号自动生成多个 PDF 报告（为每个人生成唯一的报告）。 根据 CSV 中的 ID 列，报告中的值不同。

我认为在 R 中做到这一点的最佳方法是创建一个 RMarkdown 文件并使用参数使报告的值与 ID 号值匹配。

这是我的 RMarkdown 文件代码：

---
title: "`r params$new_title`"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
output:
  pdf_document: 
    latex_engine: xelatex
  html_document:
    df_print: paged
header-includes:
  \usepackage{fontspec}
  \usepackage{fancyhdr}
mainfont: Arial
params:
  id:
    label: ID
    value: 1
    input: select
    choices:
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 5
  new_title: "My Title!"
  
---

library(tidyverse)
library(ggtern)
library(ggplot2)
library(readr)
library(lubridate)
library(magrittr)
library(rmarkdown)

knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)

data <- readr::read_csv("dummy.csv")

data_id <- data %>% 
  filter(id == v)

**Your title:** `r data_id$title`

**Your micro-narrative:** `r data_id$narrative`

现在代码可以工作了，但是生成的报告中的格式不是我想要的。

如果同一个 ID 号有多个故事标题和故事内容条目，则这些值将彼此相邻显示。 我想要的是这样的：

故事#1标题：

故事#1内容：

故事#2标题：

故事#2内容：

并不是：

标题：故事#1 标题、故事#2 标题等...

内容：故事#1、故事#2等……

为了一键自动生成多个报告，我创建了一个循环。 这是代码：

require(rmarkdown)

data = read_csv("dummy.csv")

slices = unique(data$id)

for (v in slices){
  render("~/Desktop/My_L3/report.Rmd", output_file = paste0("~/Desktop/report_", v, ".pdf"),
                                params=list(new_title=paste("Quarterly Report -", v)))
}

循环正在运行，我只需运行此代码即可生成多个 PDF。

这是最简单的方法吗？ 你知道的还有其他方法吗？

最后，如何在 RMarkdown 文件中包含多项选择题？ 例如，如果某个 ID 号选择了 3 个选项（CSV 中的三个 1），我如何显示结果如下：

您选择了以下选项：香蕉、苹果、橙子

我非常感谢您的帮助，因为我是一个 R 菜鸟并且仍在学习很多东西。

Answer 1

@badi 恭喜。 对于 R 的新手来说，您已经管理了一个相当陡峭的山坡。

我希望以下内容可以帮助您进一步前进：

（一）观察：使用rmarkdown::render(... , params = list(...))
您可以将多个变量和对象作为参数传递给您的“报告”Rmd。 因此，当您有冗长的准备步骤时，您可以加载数据、准备数据并使用用于调用 rmarkdown::render() 的循环对其进行过滤。

例如，在您的 for 循环中，您可以执行类似df <- data %>% filter(id == v)之类的操作，然后将 df 作为（其中一个）参数传递，例如rmarkdown::render(... , params = list(new_title=paste("Quarterly Report -", v)), data = df)

然后为 dataframe 定义一个参数。 我建议“加载”一个虚拟对象/df，例如

...
params:
  id ...
  data: !mtcars       # dummy object/df - do not forget the ! mark

（二）打印动态和static文字
有不同的方法可以实现这一目标。 对于您的示例，您似乎正在寻找可以从表格列构造的格式相对良好的东西。

因为这个 sprintf() 是你的朋友。 我用打火机 dataframe 简化了您的示例。 我在文档/pdf output 的开头打印了这个。

为此，您必须设置块参数results = "as-is"并将 sprintf() 调用包装到cat()以允许模板格式化并阻止 R/Rmd 添加其他 output 格式的东西（例如 ## you当我打印上面的表格时可以看到）。

您可以结合使用 paste() 调用的选项。 当然，这可以通过不同程度的复杂性来完成，我留给你去探索。 我保留 1 和 NA 编码。 您可以将这些替换为您认为合适的内容（ifelse/case_when，或 complex(er) 字符串替换操作。

为了准备选择列表，我只需将所有内容粘贴在一起：

df <- params$data %>% 
  mutate(choice_text = paste(choice1, choice2, choice3, sep = ","))

以下代码块定义了 sprintf() 的静态/动态文本模板，我们遍历数据 dataframe 的行

# to programmatically print text sprintf() 
# allows to combine static and dynamic text

# first define a template how your section looks like
# %s points to a string - not used here by %f caters for (float)numbers
template <- "
## Title %s
With content: %s.
\n You selected the following choices: %s

" # end of your "dynamic" text template
# recall to add an empty line for spacing
# you can force a new line for text entries with \n

# iterate over the input data frame
for (i in seq(nrow(df))) {
  current <- df[i, ]
  cat(sprintf(template, current$title, current$content, current$choice_text))
}

使用适当设置的 pdf 模板，您将获得以下内容。 注意：我的报告跳到第二页，我在这里只显示第一页。