R：找不到命令

Question

我想安装rJava ，但由于以下建议而失败：

Make sure you have Java Development Kit installed and correctly registered in R.
If in doubt, re-run "R CMD javareconf" as root.

ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/rJava’
* restoring previous 
‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/rJava’

因此，我遵循这个建议（以及其他人似乎建议的）并在终端中运行R CMD javereconf但现在我收到消息zsh: command not found: R

如何让R CMD javereconf工作？ 谢谢。

编辑：虽然我遵循@Till 建议的博文，但我仍然难以运行R CMD javereconf （同样的错误）。 与此同时，我想我应该提到我正在使用带有 Apple M1 芯片的 MacOS Big Sur。 当输入R.home() RStudio 返回/Library/Frameworks/R.framework/Resources/R 。

Answer 1

目前 CRAN 的 R 安装 package 中存在一个错误，导致它无法正确安装指向R和Rscript的符号链接以供命令行使用。 我刚刚通过检查他们的 4.0.5 安装 package 中的飞行后脚本验证了这一点。

基本上，存在一个问题，即uname检查不知道 20 及更高版本的操作系统版本。

如果您的uname -r发行版本超过 20，这将解释安装静默失败的原因。 我的建议是手动创建 package 应该通过执行以下操作创建的符号链接：

if uname -r | grep '^2' >/dev/null; then
    ## 15.0 and higher don't allow messing with /usr/bin
    ## so use /usr/local/bin instead
    if [ ! -e /usr/local/bin ]; then
        mkdir -p /usr/local/bin
    fi
 
    cd /usr/local/bin

    # create convenience links to R and Rscript
    rm -f R Rscript
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R .
    ln -s /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/Rscript .
fi

我将很快向 R-project 提交一个错误。

Answer 2

通过在 Rstudio 的 R 控制台上运行R.home()在磁盘上找到 R 和 Rscript 的位置。 然后，按照本指南复制从R.home()返回的位置并粘贴到/etc/paths上的新行。

然后，重新启动终端并运行R CMD javareconf