(R) 为绘图添加置信区间

Question

我正在使用 R。 我在这里关注本教程（https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/ ）并且我正在尝试针对类似问题调整代码。

在本教程中，在数据集上开发了统计 model，然后使用此统计 model 预测 3 个新闻观察。 然后我们 plot 这三个观察的结果：

#load libraries
library(survival)

library(dplyr)

library(ranger)

library(data.table)

library(ggplot2)

#use the built in "lung" data set
#remove missing values (dataset is called "a")

a = na.omit(lung)

#create id variable

a$ID <- seq_along(a[,1])

#create test set with only the first 3 rows

new = a[1:3,]

#create a training set by removing first three rows

a = a[-c(1:3),]



#fit survival model (random survival forest)

r_fit <- ranger(Surv(time,status) ~ age + sex + ph.ecog + ph.karno + pat.karno + meal.cal + wt.loss, data = a, mtry = 4, importance = "permutation", splitrule = "extratrees", verbose = TRUE)

#create new intermediate variables required for the survival curves

death_times <- r_fit$unique.death.times

surv_prob <-data.frame(r_fit$survival)

avg_prob <- sapply(surv_prob, mean)

#use survival model to produce estimated survival curves for the first three observations

pred <- predict(r_fit, new, type = 'response')$survival

pred <- data.table(pred)

colnames(pred) <- as.character(r_fit$unique.death.times)

#plot the results for these 3 patients

plot(r_fit$unique.death.times, pred[1,], type = "l", col = "red")

lines(r_fit$unique.death.times, r_fit$survival[2,], type = "l", col = "green")

lines(r_fit$unique.death.times, r_fit$survival[3,], type = "l", col = "blue")

从这里开始，我想尝试为这 3 条曲线中的每条曲线添加置信区间（置信区域），使它们看起来像这样：

我发现了以前的 stackoverflow 帖子（ survfit() 阴影 95% 置信区间生存 plot ）显示了如何做类似的事情，但我不确定如何将这篇文章的结果扩展到每个单独的观察。

有谁知道是否有直接的方法来添加这些置信区间？

谢谢

Answer 1

如果您使用 ggplot 创建plot ，则可以使用geom_ribbon function 绘制置信区间，如下所示：

    ggplot(data=...)+
    geom_line(aes(x=..., y=...),color=...)+
    geom_ribbon(aes(x=.. ,ymin =.., ymax =..), fill=.. , alpha =.. )+
    geom_line(aes(x=..., y=...),color=...)+
    geom_ribbon(aes(x=.. ,ymin =.., ymax =..), fill=.. , alpha =.. )
    

您可以将 + 放在geom_line之后，并对每次观察重复相同的步骤。 您还可以检查： 在同一个 GGplot 上绘制多个数据集及其置信区间时遇到问题。 包括数据框和https://bookdown.org/ripberjt/labbook/appendix-guide-to-data-visualization.html