R：以宽格式向数据添加信息并将其转换为长格式的最佳实践

Question

我正在尝试将一些时间课程数据从宽格式转换为长格式，这还需要向原始数据添加更多信息。 原始数据遵循以下结构：

ID      Exp_01 Exp_02 Exp_03 Exp_04 Exp_05 ...
"AA"    0.01   0.02   0.03   0.05   0.01
"BB"    0.01   0.02   0.03   0.05   0.01
"CC"    0.01   0.02   0.03   0.05   0.01
"DD"    0.01   0.02   0.03   0.05   0.01
"EE"    0.01   0.02   0.03   0.05   0.01
...

“Exp_XY”标签是一个有7个时间点的时间序列，每个时间点在三种不同的实验条件下测量3次，所以它们一直持续到“Exp_63”。

例如， Exp_01, Exp_02, Exp_03属于条件cond1时间点t1 。 Exp_04, Exp_05, Exp_06属于条件cond1时间点t2 ，依此类推。

我设法使用以下命令使用pivot_longer将数据转换为长格式：

raw %>% pivot_longer(!ID, names_to="experimentID", values_to="count")

我想在原始数据中加入时间点的信息以及实验条件，将其转换为长格式，用于下游分析。 但是，我被困在这一点上，希望有人能帮助解决以下问题：

1. 将有关时间点和实验条件的信息添加到原始数据的最佳做法是什么。 在转换成长格式之前或之后添加它更好吗？

2. 根据 1) 的答案，信息是如何实际添加的？

所需的输出如下所示：

ID   experimentID time condition count
"AA" "Exp_01"     "t1" "cond1"   0.01
"AA" "Exp_02"     "t1" "cond1"   0.02
"AA" "Exp_03"     "t1" "cond1"   0.03

"AA" "Exp_04"     "t2" "cond1"   0.05
"AA" "Exp_05"     "t2" "cond1"   0.01
"AA" "Exp_06"     "t2" "cond1"   0.03
...
"AA" "Exp_61"     "t7" "cond3"   0.05
"AA" "Exp_62"     "t7" "cond3"   0.05
"AA" "Exp_63"     "t7" "cond3"   0.05
"BB" "Exp_01"     "t1" "cond1"   0.01
"BB" "Exp_02"     "t1" "cond1"   0.02
...

我很感激任何帮助！

Answer 1

您可以使用rep和paste0创建time和condition列。

library(dplyr)
library(tidyr)

result <- raw %>% 
  pivot_longer(!ID, names_to="experimentID", values_to="count") %>%
  group_by(ID) %>%
  mutate(time = rep(paste0('time', 1:7), each = 3, 3), 
         condition = rep(paste0('cond', 1:3), each = 21))

result