使用 SAMtools 并为大量文件存储输出

Question

我有 500 多个文件需要从.bam 更改为.sam，所以我尝试使用 samtools。 我在这里做了一些查看并找到了这个答案（ 在循环中更改文件路径输出，在 shell 脚本中）并对其进行了修改以适合我的工作：

input_files="/scratch/spectre/h/homeTCGA_Data/*.bam"
output_files="/scratch/spectre/h/home/Data_Sam"
for i in $input_files 
do
tmp=$(i/scratch/spectre/h/home/Data_Sam) 
samtools view -h $i > $(tmp/.bam/.sam)
done

我在这方面完全是新手，所以我假设我在某个地方犯了一个明显的错误。 我得到的错误是目录“Data_Sam”与“模糊重定向”一起不存在。 我已经检查过了，它肯定确实存在于头中。 我也试过这个，以防我把事情复杂化：

 for i in `ls ${/scratch/spectre/h/home/Data/}/*.bam`
 do
 samtools view -h <$i >${/scratch/spectre/h/home/Data_Sam}/$i.sam
 done

为此，我收到 ${/scratch/spectre/h/home/Data/}/*.bam` 的错误“错误替换”。

我还尝试了以下方法并收到错误“错误替换”：

for i in "ls ${/scratch/spectre/h/home/Data/}/*.bam";
do filename "${i%%.*}";
samtools view $i ${filename}.sam;
done

有什么方法可以循环我的 500 多个文件，将它们从 bam 更改为 sam 并将它们存储在新的地方？

Answer 1

在您的第一次尝试中，您正在寻找字符串替换的语法是${parameter/pattern/string} ，其中参数被扩展，结果模式的最长匹配被替换为string 。 请注意，此语法使用大括号，而不是括号（请参阅 Bash 手册中的Shell 参数扩展）。

我认为这就是你想要做的：

input_files="/scratch/spectre/h/home/Data/*.bam"
for i in $input_files 
do
    tmp=${i/Data/Data_Sam}                 # replace 'Data' with 'Data_Sam'
    samtools view -h $i > ${tmp/.bam/.sam} # replace '.bam' with '.sam'
done

通过小的更改，您可以轻松地使其对包含空格或在中间某处包含“.bam”的文件名更加健壮：

input_files="/scratch/spectre/h/home/Data/*.bam"
for i in $input_files 
do
    tmp="${i/Data/Data_Sam}"
    samtools view -h "$i" > "${tmp/%.bam/.sam}"
done