如何在不添加新行的情况下释放捕获的文本？

Question

我正在尝试自动执行 Trimommatic 分析，为此我尝试编写一个代码，该代码可以从名为 Samples_prefix.txt 的文件中读取行，并提取两个变量：

$sample是文件的位置， $sample_id是样本的名称。

然后我尝试使用${sample}和${sample_id}传递这些变量

我尝试了以下代码：

while read sample
do
sample_id=$(echo "$sample" | cut -d/ -f 4)
java -jar ./trimmomatic-0.39.jar PE -threads 10 -phred33 **${sample}**_R1_001.fastq.gz **${sample}**_R2_001.fastq.gz **${sample_id}**_PE1.fq.gz **${sample_id}**_SE1.fq.gz **${sample_id}**_PE2.fq.gz **${sample_id}**_SE2.fq.gz HEADCROP:3 ILLUMINACLIP:./adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 CROP:95 LEADING:10 TRAILING:10 SLIDINGWINDOW:5:20 MINLEN:50 2> **${sample_id}**.out
done < Samples_prefix.txt

问题是当我尝试使用捕获的文本${sample}或${sample_id}时：

当代码运行时，而不是得到例如：“text”+_R1_001.fastq.gz 我得到“text”行尾，然后是_R1_001.fastq.gz。

有人知道修复它的方法吗？

我的文件如下所示：

../CleaningTranscriptoma/4_S637_L003-ds.7728b85c9e854b7bb5748534b1eba289/obic07c-f/obic07c-f

../CleaningTranscriptoma/6_S637_L003-ds.aa2df261cab44e1c9fe2ae4dbb7f0f09/obic08C-m/obic08C-m

提前致谢

Answer 1

您使用的是 bash 吗？ 尝试引用您的变量并重定向 stdout/stderr 并查看它是否有帮助，例如

while read -r sample
do
    sample_id=$(echo "${sample}" | cut -d/ -f 4)
    java -jar ./trimmomatic-0.39.jar PE -threads 10 -phred33 "${sample}"_R1_001.fastq.gz "${sample}"_R2_001.fastq.gz "${sample_id}"_PE1.fq.gz "${sample_id}"_SE1.fq.gz "${sample_id}"_PE2.fq.gz "${sample_id}"_SE2.fq.gz HEADCROP:3 ILLUMINACLIP:./adapters/TruSeq3-PE-2.fa:2:30:10 CROP:95 LEADING:10 TRAILING:10 SLIDINGWINDOW:5:20 MINLEN:50 1> "${sample_id}".out 2>"${sample_id}".err
done < Samples_prefix.txt

此外，对于此类特定领域的问题， https://bioinformatics.stackexchange.com/通常更有帮助，除非您的问题专门针对编程。