有没有办法从在线资源直接将 shapefile 读取到 R 中？

Question

我正在尝试找到一种将 shapefile (.shp) 从在线存储库/文件夹/url 直接加载到 R 中的全局环境中的方法，以便使用geom_sf在 ggplot2 中进行绘图。 在第一个实例中，我使用我的 Google Drive 来存储这些文件，但理想情况下，我希望找到一个适用于任何具有有效 url 和适当访问权限的文件夹的解决方案。

到目前为止，我已经尝试了几个选项，前两个涉及压缩存储 shapefile 的 Google Drive 上的源文件夹，然后以某种方式下载和解压缩。 包含使用小型测试 shapefile 的可重现示例：

1. 使用utils::download.file()检索压缩文件夹并使用base::system('unzip..')或zip::unzip() （大致遵循此线程： 从 ONS 下载 County Shapefile ）：

# Create destination data folder (if there isn't one)
if(!dir.exists('data')) dir.create('data')
# Download the zipped file/folder 
download.file("https://drive.google.com/file/d/1BYTCT_VL8EummlAsH1xWCd5rC4bZHDMh/view?usp=sharing", destfile = "data/test_shp.zip")
# Unzip folder using unzip (fails)
unzip(zipfile = "data/test_shp.zip", exdir = "data/test_shp", junkpaths = TRUE)
# Unzip folder using system (also fails)
system("unzip data/test_shp.zip")

如果您无法运行上述代码，则仅供参考，两条错误消息是：

警告消息：在 unzip(zipfile = "data/test_shp.zip", exdir = "data/test_shp", : 从 zip 文件中提取错误 1

和

未找到中央目录结束签名。 此文件不是 zip 文件，或者它构成多部分存档的一个磁盘。 在后一种情况下，中央目录和 zipfile 注释将在此存档的最后一个磁盘上找到。 unzip: cannot find zipfile directory in one of data/test_shp.zip or data/test_shp.zip.zip, and cannot find data/test_shp.zip.ZIP, period.

值得注意的是，我什至无法在 R 之外手动解压缩此文件夹，因此我认为download.file()步骤出了点问题。

2. 使用 googledrive package：

# Create destination data folder (if there isn't one)
if(!dir.exists('data')) dir.create('data')
# Specify googledrive url:
test_shp = drive_get(as_id("https://drive.google.com/file/d/1BYTCT_VL8EummlAsH1xWCd5rC4bZHDMh/view?usp=sharing"))
# Download zipped folder
drive_download(test_shp, path = "data/test_shp.zip")
# Unzip folder
zip::unzip(zipfile = "data/test_shp.zip", exdir = "data/test_shp", junkpaths = TRUE)
# Load test.shp
test_shp <- read_sf("data/test_shp/test.shp")

那行得通！

...除了它仍然是一个 hacky 解决方法，这需要我 zip，下载，解压缩，然后使用单独的 function（例如sf::read_sf或st_read ）将数据读入我的全局环境。 而且，由于它使用的是 googledrive package，它只适用于存储在这个系统中的文件（不是 OneDrive、DropBox 和其他 url）。

3. 我还直接在文件夹 url 上尝试sf::read_sf 、 st_read和fastshp::read.shp ，但这些方法都如预期的那样失败了。

所以，我的问题是：是否有将在线存储的 shapefile 直接读取到 R 的工作流程，还是我应该停止查找？ 如果没有，但有一种方法可以将我的上述解决方案 (2) 扩展到 googledrive 之外，我也会很感激任何提示！

注意：我还应该补充一点，我故意忽略了任何需要 package rgdal的选项，因为它即将永久退役，因此我正在寻找至少在某种程度上面向未来的选项（我知道所有软件包都会在某个时候从 map 下线） . 提前致谢！

Answer 1

我最近遇到了类似的问题，必须直接从 Dropbox 将 shapefile 读入 R。

因此，该解决方案仅适用于 Dropbox 的情况。

您需要做的第一件事是使用 rdrop2 为 Dropbox 创建一个可刷新的令牌，因为 Dropbox 最近的更改将单个令牌的使用时间限制为 4 小时。 您可以关注此SO 帖子。

设置可刷新令牌后，使用以下命令识别 Dropbox 上空间数据文件夹中的所有文件：

shp_files_on_db<- drop_dir("Dropbox path/to your/spatial data/", dtoken = refreshable_token) %>% 
  filter(str_detect(name, "adm2"))

我的“空间数据”文件夹包含两组 shapefile——adm1 和 adm 2。我使用上面的代码只选择了与 adm2 关联的那些。

然后在'spatial data'文件夹中创建一个shp、csv、shx、dbf、cpg文件名称的向量，如下：

shp_filenames<- shp_files_on_db$name

我选择将 shapefile 读入临时目录，避免将文件存储在我的磁盘上——这在 Shiny 实现中也很有用。 我创建这个临时目录如下：

# create a new directory under tempdir
dir.create(dir1 <- file.path(tempdir(), "testdir"))

#If needed later on, you can delete this temporary directory 
unlink(dir1, recursive = T)

#And test that it no longer exists
dir.exists(dir1)

现在将 Dropbox 文件下载到这个临时目录：

for (i in 1: length(shp_filenames)){
  
  drop_download(paste0("Dropbox path/to your/spatial data/",shp_filenames[i]),
                dtoken = refreshable_token,
                local_path = dir1)
  
}

最后，读入您的 shapefile，如下所示：

#path to the shapefile in the temporary directory
path1_shp<- paste0(dir1, "/myfile_adm2.shp")

#reading in the shapefile using the sf package - a recommended replacement for rgdal
shp1a <- st_read(path1_shp)