有没有一种方法可以将 winmids object 转换为 mids object？

Question

假设我创建了 10 个多重插补数据集，并在 R 中使用（精彩的）MatchThem package 来为我的曝光变量创建权重。 MatchThem package 采用mids object 并将其转换为 ZA2F2ED4F8DC40AB6CBB4D C21A 的winmids 。

我想要的 output 是mids object - 但有重量。 我希望将这个mids object 传递给 BRMS，如下所示：

library(brms)
m0 <- brm_multiple(Y|weights(weights) ~ A, data = mids_data)

接受建议。

Answer 1

brm_multiple()可以为其data参数接收数据帧列表。 您可以使用complete()从wimids object 生成它。 这应该如下所示：

m0 <- brm_multiple(Y|weights(weights) ~ A, data = complete(mids_data, "all"))

使用complete()会自动将weights列添加到生成的估算数据帧中。

Answer 2

感谢 Noah，在使用中频 object 时，BRMS 工作流程受益匪浅。 我将通过一个可重现的示例来解释工作流程：

library(mice)
library(dplyr)
library(MatchThem)
library(brms)
data("nhanes2")

估算：

 imp <- mice(nhanes2, printFlag = FALSE, seed = 0, m = 10) 

工作流程： brms model 与中频 object

fit_mc1 <- brm_multiple(bmi ~ age + hyp + chl, data = imp,
                    backend = "cmdstanr",
                    family = "gaussian",
                    set_prior('normal(0, 1)',
                              class = 'b'))

brms 将不接受一组完整的数据帧：

mc_imp1 <- mice::complete(imp, "long")
fit_mc2 <- brm_multiple(bmi ~ age + hyp + chl,
                    data = mc_imp1,
                    backend = "cmdstanr",
                    family = "gaussian",
                    set_prior('normal(0, 1)',
                              class = 'b'))

# Error: 'data' must be a list of data.frames.

我可以创建一个数据框列表，但是，brms + cmstanr 在使用 mids 对象时工作得更快（我不知道为什么）。 此外，我可以将完整的数据帧集转换回中频 object，注意鼠标要求我们包含原始数据，即指定include = TRUE （如上所述）。 我准备完成的object如下：

mc_revertmids1 <- mc_imp1  %>% 
mutate_if(is.matrix, as.vector)

mc_imp1_r  <- mice::as.mids(mc_revertmids1)

现在 BRMS 将运行：

it_mc2_r <- brm_multiple(bmi ~ age + hyp + chl,
                    data = mc_imp1_r,
                    backend = "cmdstanr",
                    family = "gaussian",
                    set_prior('normal(0, 1)',
                              class = 'b'))

解释了工作流程后，我现在可以解释我遇到的问题。

我们创建权重

w_imp <- weightthem(hyp ~  chl + age,
data = imp, 
approach = "within",
estimand = "ATE",
method = "ps")

我们尝试使用include = TRUE选项创建一个完整的 object：

c_imp <- MatchThem::complete(w_imp, action
= "long", include = TRUE)

我们得到以下错误：

Error in mylist[[i]] : attempt to select `less than one element in integerOneIndex`

有什么建议吗？

Answer 3

谢谢诺亚，我遵循了你的代码。 不幸的是，它在我描述的环境中对我不起作用。

以下方法有效。

完整的winmids object：

out <- complete(w_imp, action ="long", include = FALSE, mild = TRUE)

创建数据框列表：

m <- 10
listdat <- list()
for (i in 1:m) {
  listdat[[i]] <-as.data.frame(out[[i]])
}

将数据帧列表传递给 brms：

fit_2<- brm_multiple(bmi|weights(weights) ~ age + hyp + chl,
                      data = listdat,
                      backend = "cmdstanr",
                      family = "gaussian",
                      set_prior('normal(0, 1)',
                                class = 'b'))

我知道我的评论不是解决方案。 这是我在 stackoverflow 上的第一周。 我无法弄清楚如何在评论中提供代码，因此我作为解决方案进行了回复。 我将继续学习我的 stackoverflow 技能。

同时，再次感谢您的帮助，以及您出色的 R 软件包