Python 中 subprocess.call() 的 FileNotFoundError

Question

我正在尝试使用 Python 运行 R 脚本。我使用 subprocess.call function 来实现此目的。 正如其他帖子中所建议的，我尝试了这些不同的代码：

代码1

subprocess.call(['Rscript', '--vanilla', 'C:/Users/siddh/Downloads/R_script_BCA.R'])

代码 2

subprocess.Popen(['Rscript', '--vanilla', 'C:/Users/siddh/Downloads/R_script_BCA.R'])

两者都出错

FileNotFoundError: [WinError 2] The system cannot find the file specified

代码 3

subprocess.Popen('Rscript --vanilla C:/Users/siddh/Downloads/R_script_BCA.R', shell=True)

运行代码 3 只显示以下内容，没有任何反应

<Popen: returncode: None args: 'Rscript --vanilla C:/Users/siddh/Downloads/R...>

以下代码在命令提示符/PowerShell 中使用时运行良好

Rscript --vanilla "C:/Users/siddh/Downloads/R_script_BCA.R"

Answer 1

如果在PATH环境变量中找不到 Rscript，就会发生这种情况。 将完整路径放入 Rscript，类似于：

subprocess.call([
    r'C:\Program Files\R\R-4.2.1\bin\Rscript',    # put here the path to your Rscript
    '--vanilla', 
    'C:/Users/siddh/Downloads/R_script_BCA.R'
])

或者在运行subprocess.call之前添加路径：

import os
os.environ['PATH'] += ';' + r'C:\Program Files\R\R-4.2.1\bin'   # replace with your real path to Rscript

查看运行 python 的PATH中是否有 Rscript 的路径：

import os
for p in os.environ['PATH'].split(';'):
    print(p)

要在 PowerShell 中找到您的 Rscript 的路径：

Get-Command Rscript | Select-Object Source