如何在RStudio中加载加密后的sqlite文件？

Question

描述：我正在使用 RStudio，我有一个名为databse.zip的 zip 文件。 该文件由密码加密。 我的目标是能够加载文件、解密文件、提取 sqlite 数据库（ database.db ）并能够对其进行查询。

到目前为止，我尝试了以下内容：

# Load required packages
library(dotenv)
library(Hmisc)
library(RSQLite)

# Get password
password = Sys.getenv("PASSWORD")

# Load .zip file and decrypt it
test = getZip("databse.zip", password=password)

# Connect to the SQLite database
con = dbConnect(RSQLite::SQLite(), test) # ERROR! Error in path.expand(path) : invalid 'path' argument

# Get list of items from table in the database
my_data = dbGetQuery(con, "SELECT column_name FROM table") # I do not even reach this point

问题：基本上，我能够加载和解密文件，但我不知道如何连接到 sqlite 数据库并对其进行查询。

问题：您能否建议一种聪明而优雅的方式来实现我的目标？ 如果需要，请随意使用不同的包。

Answer 1

getZip()用于 stream 单个文件形式的内容 zip 存档，而不先将其存储在磁盘上，它返回连接 object。这将适用于压缩 csv-s 等平面文件，同时将其与read.csv()一起使用. 对于 DBI / RSQLite，您（通常）需要在磁盘上有一个文件。

由于 R 无法在本地处理受密码保护的 zip 存档，我们使用 7z，尽管任何其他合适的命令行提取器也可以工作（例如，在 Win 的情况下从rtools解压缩）。

这里我们首先创建受密码保护的 zip arhive 以创建一个可重现的示例，然后将其解压缩到extracted/ in R session tmp。 目录并连接到提取的 SQLite 数据库。

library(DBI)
library(glue)

# 7z executable
sevenz <- "C:/Program Files/7-Zip/7z.exe"
archive_pw <- "pw123"

tmp_dir <- tempdir()
# open temp folder in file manager :
# browseURL(tmp_dir)

# prepare reprex ----------------------------------------------------------
# store mtcars in sqlite, create pasword-protected zip archive

sqlite_f <- file.path(tmp_dir, "mtcars.sqlite")
con <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), sqlite_f)
data("mtcars")
dbWriteTable(con, "mtcars", mtcars)
dbDisconnect(con)
# double-quotes to handle spaces in paths
system(glue('"{sevenz}" a "{sqlite_f}.zip" "{sqlite_f}" -p"{archive_pw}"' ))
#> [1] 0


# extract and load sqlite DB from password-protected zip ------------------

dest <- file.path(tmp_dir, "extracted")
system(glue('"{sevenz}" e "{sqlite_f}.zip" -o"{dest}" -p"{archive_pw}"' ))
#> [1] 0
con <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), file.path(dest, "mtcars.sqlite"))
dbGetQuery(con, "SELECT * FROM mtcars LIMIT 5")
#>    mpg cyl disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
#> 1 21.0   6  160 110 3.90 2.620 16.46  0  1    4    4
#> 2 21.0   6  160 110 3.90 2.875 17.02  0  1    4    4
#> 3 22.8   4  108  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
#> 4 21.4   6  258 110 3.08 3.215 19.44  1  0    3    1
#> 5 18.7   8  360 175 3.15 3.440 17.02  0  0    3    2
dbDisconnect(con)

^{创建于 2023-01-10，使用reprex v2.0.2}