do.call 语句格式

Question

我试图了解如何在语句中正确格式化 lapply、rbind 和 do.call 的组合，但无法使语句正常运行。 我提供了一个简单的示例 function 和我用来尝试理解格式的数据。 我完全理解我提供的场景可以使用更简单的方法运行，这样做的目的是简单了解格式以及如何在自定义 function 上使用 lapply 和 rbind。

下面是一些测试数据：

facility_id  patient_number  test_result
123          1000            25
123          1000            30
25           1001            12
25           1002            67
25           1010            75
65           1009            8
22           1222            95
22           1223            89

我实际上是在尝试使用设施 ID 值列表将自定义 function 中的数据子集化，然后想将自定义 function 产生的每个 data.table 绑定在一起。

这是我使用的代码：

facilities_id_list<-c(123, 25)
facility_counts<-function(facilities_id_list){
  facility<-facilities_id_list[[i]]
  subset<-data[facility_id==facility]
}

results <- do.call("rbind", lapply(seq_along(facilities_id_list), function(i) facility_counts)

我希望达到的结果：

facility_id  patient_number  test_result
123          1000            25
123          1000            30
25           1001            12
25           1002            67
25           1010            75

为什么这不起作用？ 我需要更改格式吗？

Answer 1

不使用== ，而是使用%in%进行直接子集化

subset(data, facility_id %in% facilities_id_list)

---

在 OP 的代码中，存在多个问题 - 1) 输入参数是facilities_id_list ，在lapply中，我们正在遍历序列i 。，2) facility_id==facility应该是data$facility_id==facility因为我们正在使用[并且没有数据绑定，3) 我们需要指定我们使用行索引进行子集化，默认情况下没有任何, ，它被视为data.frame中的列索引

 facility_counts<-function(i){
  facility<-facilities_id_list[[i]]
  data[data$facility_id == facility, ]
}
> do.call(rbind, lapply(seq_along(facilities_id_list), facility_counts))
  facility_id patient_number test_result
1         123           1000          25
2         123           1000          30
3          25           1001          12
4          25           1002          67
5          25           1010          75

Answer 2

这是使用普通旧filter的示例，然后是使用自定义 function 和do.call()的另一个选项：

library(dplyr)


# data
df <- tibble::tribble(
  ~facility_id, ~patient_number, ~test_result,
  123L,           1000L,          25L,
  123L,           1000L,          30L,
  25L,           1001L,          12L,
  25L,           1002L,          67L,
  25L,           1010L,          75L,
  65L,           1009L,           8L,
  22L,           1222L,          95L,
  22L,           1223L,          89L
)

facilities_id_list<-c(123, 25)

# simplest solution: just using filter
df %>% 
  filter(facility_id %in% facilities_id_list)
#> # A tibble: 5 × 3
#>   facility_id patient_number test_result
#>         <int>          <int>       <int>
#> 1         123           1000          25
#> 2         123           1000          30
#> 3          25           1001          12
#> 4          25           1002          67
#> 5          25           1010          75

# using custom function + do.call
custom_filter <- function(data) {
  data %>% 
    filter(facility_id %in% facilities_id_list)
}

do.call(custom_filter, list(df))
#> # A tibble: 5 × 3
#>   facility_id patient_number test_result
#>         <int>          <int>       <int>
#> 1         123           1000          25
#> 2         123           1000          30
#> 3          25           1001          12
#> 4          25           1002          67
#> 5          25           1010          75