[英]How to solve Mismatch between hwloc headers and library, using v1 headers with v2 library on Collab?
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我在 Google Colab 上使用 Gromacs 已经一年多了。 我已经使用https://colab.research.google.com/github/pb3lab/ibm3202/blob/master/tutorials/lab07_MDsims.ipynb这种方法安装了 Gromacs，它工作得非常顺利，但昨晚当我运行单元时它，它显示了一些我不习惯看到的有线错误
然后我试图在网上找到解决方案我遇到了这段代码
!sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5
然后它起作用了，但是当我想运行最后一个单元时，它是实际的 MD 模拟，它需要计算能力和 gpu 我得到了另一个错误。
Assertion failed: Condition: (hwloc_get_api_version() < 0x20000) Mismatch between hwloc headers and library, using v1 headers with v2 library
我真的不知道如何解决这个问题，我真的需要它来工作。 如果你能帮助我，那就太好了。
这似乎不是 Python 的特定问题，而是 Gromacs 的问题以及您如何安装它（除非您发布的最后一个错误来自 python 代码，但基于您发布的第一个链接我不相信应该是这样）。 您运行的软件（大概是gmx ）来获取最后一个错误是使用hwloc的 v1 标头构建的，它似乎是一个硬件位置库，但是您已符号链接到/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5的共享 object /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libhwloc.so.5似乎是库的 v2 版本，它与 v1 标头不兼容。 可能有一些 function 调用根本无法处理这种不匹配，开发人员确保版本匹配是正确的。
我认为最简单的解决方案是让您尝试找到 v1 shared object 并像您之前对ln所做的那样链接它。 在理想情况下，您可以使用ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu | grep hwloc找到它。 ls /usr/lib/x86_64-linux-gnu | grep hwloc这是一个命令，用于显示该目录中包含字符串hwloc的所有库。
如果有几个选项，请尝试将其中几个链接到正确的路径，看看它们是否有效； 我怀疑你会破坏任何东西。 如果只有您已经向我们展示的两个选项，那么您必须安装旧版本的hwloc 。 这可能会通过安装 Gromacs 来完成，但您必须查看使用wget下载的 tarball 的内容。 如果它不存在，那么您可能必须通过您的系统 package 经理降级hwloc ； 我不熟悉 Google Colab 中的这个过程，但我敢肯定网上有很多教程。
希望有所帮助，
--K
我像这样安装了 package，它起作用了，谢谢你们。
!wget https://download.open-mpi.org/release/hwloc/v1.11/hwloc-1.11.13.tar.gz
!tar xzf hwloc-1.11.13.tar.gz
!cd /content/hwloc-1.11.13
! /content/hwloc-1.11.13/configure
!make
!sudo make install
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