在 R 中为热图添加注释

Question

我在分层热图上添加注释栏时遇到了一些问题。 我在 df1 中有一个具有归一化值的矩阵。 这样：

df1 <- Apple Bananas Oranges Kiwi Pear 5 7 5 3 8 6 2 4 5 9 5 9 3 5 2

我想添加一个注释栏，进一步将水果分隔到不同的位置。 如果我们看到按位置随机聚类，这将向我们显示。

我有另一个名为 Annot 的数据框：

注释

Apple North America Bananas Asia Oranges North America Kiwi Asia Pear North America

我希望北美在色条中为“红色”，亚洲为“蓝色”。

我试过下面的代码，但它似乎没有用。

 col = list(Annot = c("North America" = "red", "Asia" = "blue"))
 ha = HeatmapAnnotation(df = Annot, col=col)
 heatmap(df = df1, scale = "none", cexCol = 0.7, top_annotation = ha)

我收到以下错误

   Error in heatmap(df = df1, scale = "none", cexCol = 0.7, top_annotation = ha) : 
   argument "x" is missing, with no default

我一直在尝试这个，但遇到了各种错误。

任何帮助表示赞赏。

谢谢！

Answer 1

我建议您在此处检查您的 dataframe 规范以了解您的问题。 包括完整的 R 代码，以便人们可以重现您的示例。 目前，一行中有很多随机数和单词，没有列标题等。将整个可重现的示例放在一个代码块中，以尽可能方便帮助者。