使用 bash 函数创建变量（即查找）

Question

我在/share/cdfwwildlife/hallas_dedicated/lc_deer/mtDNA下的 100 个不同子目录中有大约 100 个文件需要重命名。 我正在尝试编写一个基本的 bash 脚本，它将find文件 ( animal_mt*.fasta ) 并创建一个将放入循环中的列表。 将使用cut从路径中提取信息。 文件将被重命名，文件中的信息将使用sed进行编辑。 我不断收到一条错误消息，指出command not found 。 不知道是语法问题还是权限问题。 感谢任何建议。

#!/bin/bash
PATH=/share/cdfwwildlife/hallas_dedicated/lc_deer/mtDNA

LIST=$(find $PATH -type f -name "animal_mt*.fasta")

for line in LIST

do
    ID = $(cut -d "/" -f 7 $line)`
    FILE = $(cut -d "/" -f 8 $line)
    mv $PATH/$ID/$FILE $PATH/$ID/${ID}_mtDNA.fasta
    sed 's/^>*/>$ID/' $PATH/$ID/${ID}_mtDNA.fasta
done

Answer 1

您看到的错误可能是由于定义变量 ID 的行中缺少分号以及变量名称和等号之间的空格引起的。 此外，您需要在 for 循环中使用 in 关键字。

你可以试试这个：

#!/bin/bash
PATH=/share/cdfwwildlife/hallas_dedicated/lc_deer/mtDNA

LIST=$(find $PATH -type f -name "animal_mt*.fasta")

for line in $LIST
do
    ID=$(cut -d "/" -f 7 $line)
    FILE=$(cut -d "/" -f 8 $line)
    mv $PATH/$ID/$FILE $PATH/$ID/${ID}_mtDNA.fasta
    sed 's/^>*/>$ID/' $PATH/$ID/${ID}_mtDNA.fasta
done

此外，您可能希望添加一些错误检查以确保变量设置正确并且文件已正确移动和编辑。