连接文件，得到“参数列表太长”

Question

我有大约 250,000 个文件，其文件名如下所示： read_\d\d.fasta

运行cat *.fasta > all.fasta命令时出现argument is too long错误。

通常我使用for循环或find当我得到argument is too long错误时。

我如何使用 for 循环（或任何其他方法）来连接这么多文件？

我已经for i in read*fasta; do cat $i >> combined.$i; done for i in read*fasta; do cat $i >> combined.$i; done for i in read*fasta; do cat $i >> combined.$i; done但是，这不会连接文件。

在查看此错误时，我查看了其他答案，但是我看不到这里如何for/find 。

Answer 1

尝试

printf '%s\0' *.fasta | xargs -0 cat -- > all.fasta

• 使用 NUL 字符作为路径分隔符（ printf格式字符串中的\0 ， xargs的-0选项）意味着这将适用于任意文件名，包括包含换行符的文件名。
• cat之后的--意味着即使某些文件的名称以-开头，它也能正常工作。
• printf避免了“参数太长”错误，因为它是内置的 shell。 与cat等外部命令不同，内置命令不使用exec 系统调用，参数长度限制在“exec”中。