For 循环：识别文件名对，输入到 For 循环

Question

我正在尝试改编以前回答的问题以在 for 循环中使用。

我有一个包含多个成对文件名的文件夹，这些文件名需要按顺序作为 for 循环的输入提供。

示例输入

WT1_0min-SRR9929263_1.fastq
WT1_0min-SRR9929263_2.fastq
WT1_20min-SRR9929265_1.fastq
WT1_20min-SRR9929265_2.fastq
WT3_20min-SRR12062597_1.fastq
WT3_20min-SRR12062597_2.fastq

配对的文件名可以用上一个问题的答案来识别：

find . -name '*_1.fastq' -exec basename {} '_1.fastq' \; | xargs -n1 -I{} echo {}_1.fastq {}_2.fastq

我现在想采用它在 for 循环中使用，以便每个 output 文件都可以独立地传输到后续命令，并且还可以附加 output 文件名。

输入文件可以分别在 -1 和 -2 标志之后作为逗号分隔的文件列表提供。 因此，对于此示例，大量和不需要的输入将是：

-1 WT1_0min-SRR9929263_1.fastq,WT1_20min-SRR9929265_1.fastq,WT3_20min-SRR12062597_1.fastq

-2 WT1_0min-SRR9929263_2.fastq,WT1_20min-SRR9929265_2.fastq,WT3_20min-SRR12062597_2.fastq

但是，我想将其作为 for 循环运行，以便按顺序提供输入文件：

Iteration #1
-1 WT1_0min-SRR9929263_1.fastq
-2 WT1_0min-SRR9929263_2.fastq


Iteration #2
-1 WT1_20min-SRR9929265_1.fastq
-2 WT1_20min-SRR9929265_2.fastq


Iteration #3
-1 WT3_20min-SRR12062597_1.fastq
-2 WT3_20min-SRR12062597_2.fastq

下面是我想使用 xarg 代码运行以提取文件名的 for 循环示例。 它目前不起作用。 我假设我需要以某种方式将 xarg 代码中的配对文件名保存为可以在 for 循环中引用的变量？

find . -name '*_1.fastq' -exec basename {} '_1.fastq' \; | xargs -n1 -I{} echo {}_1.fastq {}_2.fastq

for file in *.fastq
do
  bowtie2 -p 8 -x /path/genome \
  1- {}_1.fastq \
  2- {}_2.fastq \
  "../path/${file%%.fastq}_UnMappedReads.fastq.gz" \
  2> "../path/${file%%.fastq}_Bowtie2_log.txt" | samtools view -@ 7 -b | samtools sort -@ 7 -m 5G -o "../path/${file%%.fastq}_Mapped.bam"
done

该示例的预期输出为：

WT1_0min-SRR9929263_UnMappedReads.fastq.gz
WT1_20min-SRR9929265_UnMappedReads.fastq.gz
WT3_20min-SRR12062597_UnMappedReads.fastq.gz
WT1_0min-SRR9929263_Bowtie2_log.txt
WT1_20min-SRR9929265_Bowtie2_log.txt
WT3_20min-SRR12062597_Bowtie2_log.txt
WT1_0min-SRR9929263_Mapped.bam
WT1_20min-SRR9929265_Mapped.bam
WT3_20min-SRR12062597_Mapped.bam

Answer 1

我不知道“bowtie2”或“samtools”是什么，但我能告诉你的最好的是：

#!/usr/bin/env bash

for file1 in *_1.fastq; do
    file2="${file1%_1.fastq}_2.fastq"
    echo "$file1" "$file2"
done

将echo替换为您想对 ta 对文件执行的任何操作。

如果您出于某种原因不得不使用find那么它会是：

#!/usr/bin/env bash

while IFS= read -r file1; do
    file2="${file1%_1.fastq}_2.fastq"
    echo "$file1" "$file2"
done < <(find . -type f -name '*_1.fastq' -print)

或者如果您的文件名可以包含换行符，则：

#!/usr/bin/env bash

while IFS= read -r -d $'\0' file1; do
    file2="${file1%_1.fastq}_2.fastq"
    echo "$file1" "$file2"
done < <(find . -type f -name '*_1.fastq' -print0)