R：两个矩阵的列之间的成对欧几里得距离

Question

以下循环运行时间太长（2 分钟/迭代）tumor_signals 大小为 950000x422 normal_signals 大小为 950000x772 有关如何加快它的任何想法？

for(i in 1:ncol(tumor_signals)){
x <- as.vector(tumor_signals[,i])
print("Assigned x")
y <- t((t(normal_signals) - x)^2)
print("assigned y")
y <- t(sqrt(colSums(y)))
print("done")
#all_distance <- cbind(all_distance,matrix(distance))
print(i)
}

Answer 1

您的代码中有一个错误——您不需要转置normal_signals 。 据我了解，对于所有i = 1,2,...422和j=1,2,...,772 ，您正在尝试计算tumor_signals[,i]和normal_signals[,j] . 您可能希望结果为 422 x 772 矩阵。 package fields中有一个 function rdist()将为您执行此操作：

require(fields)
result <- rdist(t(tumor_signals), t(normal_signals))

顺便说一句，谷歌搜索[R Euclidean distance]很容易找到这个 package。