使用数字和字母（字母数字）名称对文件/对象进行排序

Question

我的文件是：

CT.BP.50.txt
CT.BP.200.txt
CT.BP.500.txt 
GP.BP.50.txt
GP.BP.200.txt 
GP.BP.500.txt 

files <- c("CT.BP.50.txt", "CT.BP.200.txt", "CT.BP.500.txt", "GP.BP.50.txt", "GP.BP.200.txt", "GP.BP.500.txt")

我想对它们执行特定操作，我可以这样做：

for (i in 1:length(files)) {
    foo <- read.table(files[i])
    barplot(table(foo$V1), main = files[i])
}

但是R按照这个顺序绘制它们：

“CT.BP.200.txt”“CT.BP.500.txt”“CT.BP.50.txt”“GP.BP.200.txt”“GP.BP.500.txt”“GP.BP. 50.txt”

我希望它们按排序顺序绘制：

“CT.BP.50.txt”“CT.BP.200.txt”“CT.BP.500.txt”“GP.BP.50.txt”“GP.BP.200.txt”“GP.BP. 500.txt”

如何使用字母数字名称对对象进行排序？

Answer 1

问题是list.files()以标准（词法）排序的顺序返回文件名，并且数字是逐个位置而不是数字的一部分进行比较。

files <- sort(c("Gen.Var_CT.BP.200.txt", "Gen.Var_CT.BP.500.txt", 
                "Gen.Var_CT.BP.50.txt", "Gen.Var_GP.BP.200.txt",
                "Gen.Var_GP.BP.500.txt", "Gen.Var_GP.BP.50.txt"))

在我的系统上，这给出了：

> files
[1] "Gen.Var_CT.BP.200.txt" "Gen.Var_CT.BP.50.txt"  "Gen.Var_CT.BP.500.txt"
[4] "Gen.Var_GP.BP.200.txt" "Gen.Var_GP.BP.50.txt"  "Gen.Var_GP.BP.500.txt"

函数gtools::mixedsort将（通常）按您希望的方式排序：字符串中的一系列数字将被视为数字以便进行排序。 但是，你的例子有一点障碍，因为mixedsort假设. 是数字的一部分，因此看到.200. 作为潜在的数字，实际上不能作为数字排序。 由于您的示例中没有实际的小数点，您可以解决这个问题。

files <- files[mixedorder(gsub("\\.", " ", files))]

所以文件现在排序为：

> files
[1] "Gen.Var_CT.BP.50.txt"  "Gen.Var_CT.BP.200.txt" "Gen.Var_CT.BP.500.txt"
[4] "Gen.Var_GP.BP.50.txt"  "Gen.Var_GP.BP.200.txt" "Gen.Var_GP.BP.500.txt"

Answer 2

可能这样做吗？

files <- c("Gen.Var_CT.BP.50.txt", "Gen.Var_CT.BP.200.txt", "Gen.Var_CT.BP.500.txt",    "Gen.Var_GP.BP.50.txt", "Gen.Var_GP.BP.200.txt", "Gen.Var_GP.BP.500.txt"){
for (i in 1:length(files)) {
  b <- read.table(files[i])
  barplot(table(b$V1), main=files[i])

Answer 3

看起来您希望按特定顺序按文件名的特定组件进行排序。

所以我首先将文件名分解为其组件，例如：

filesmat=matrix(unlist(strsplit(files,split='\\.')),byrow=T,ncol=4)

然后提取要排序的列。

numbercomponent=as.numeric(filesmat[,3])

varname=filesmat[,1]

然后用类似的东西重新排序文件名

files=files[order(varname,numbercomponent)]

然后只是你想要的情节。