在软件包GEOquery中使用getGEO（）时出错

Question

我在R中运行以下代码：

library(GEOquery)
mypath <- "C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC"
GDS1 <- getGEO('GDS1',destdir=mypath)

但我收到以下错误：

Using locally cached version of GDS1 found here:
C:/Users/Farzin/Desktop/BIOC/GDS1.soft.gz 
Error in read.table(con, sep = "\t", header = FALSE, nrows = nseries) : 
  invalid 'nlines' argument

谁能告诉我如何摆脱这个错误？

Answer 1

无论我查询的GDS文件是什么，使用带有R和来自ubuntu（12.04）的Bioconductor的GEOquery（2.23.5版）时，我都遇到了相同的错误。 可能是GEOquery包有问题吗？

Answer 2

以我的经验，getGEO非常挑剔。 我通常会遇到连接到GEO服务器的问题。 如果在下载过程中发生这种情况，getGEO将留下部分文件。 但是由于存在部分文件，因此当您尝试重新下载时，它将使用此缓存的部分下载文件，并遇到您看到的错误（您想要的错误，因为它不是完整文件）。

要解决此问题，请删除缓存的SOFT文件，然后重试下载。