从Catalyst Controller调用子例程

Question

我正在努力为数据库设计前端。 我是perl和催化剂的新手。 我在控制器中遇到一个错误。

我想从一张表中获取基因名称，并将每个基因名称传递给子例程gene_name（称为子例程gene_name），该子例程将执行某些功能。 我介绍了一些如何获取带有基因名称的列，但它们是以对其他表的哈希引用形式。 我对gene_name的调用无效。

任何想法如何将值传递给子例程而不是引用？ 我的代码如下：

my @gene_list = $c->model('Gene::GeneTable')->search({      
},{
                column =>[qw/symbol/],
}
);
foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene);
}

执行代码后出现的错误如下：

DBIx::Class::ResultSet::find(): Can't bind a reference (MyApp::Model::Gene::GeneTable=HASH(0x7ff6d88b7c58))

更新

我的gene_name（）子例程位于控制器中包含的另一个模块中。 现在我如下更改了for循环（在控制器中），当前它正在将基因名称传递给gene_name（）以获取别名（但查询保持不变）：

foreach my $gene (@gene_list){
push @gene_aliases, &gene_name($gene-> symbol);
}

我正在访问我的视图文件中的@gene_aliases，如下所示：

[% FOREACH g in gene_aliases -%]
[% g %]
[% END -%]

上面的代码正在获取哈希引用，而不是页面中的名称。 我无法在网页上显示基因名称。如果在for循环中输入[％g.symbol％]，则该页面将为空，没有错误消息。希望这足以回答我的问题。 如果没有，我会详细说明。

我的SQL查询如下：

Select Symbol from GeneTable;

提前致谢

UPDATED2

由于我不是一名全职程序员，所以我在博客上问这些问题。 请帮助我解决我的问题。 如果我有从用户那里获取基因名称的搜索表，并且必须将该基因名称传递给gene_name（）子例程，那么如何将其传递给控制器​​（以及如何调用gene_name（））。 请帮助我解决此问题。 我在view.tt中的表格如下：

<form method="post" action "[% c.uri_for('/gene')%]">
<input type="text" name="search_alias">
<input type="submit" name="alias_search" value="Search">
</form>

我所有的别名都在另一个称为Alias的表中，该表已在gene_name（）子例程中使用。

Answer 1

gene_name()函数需要期望将GeneTable对象传递给它，或者您可以这样称呼它： gene_name($gene->symbol) 。

话虽如此，根据您所提供的有限信息，Controller似乎不合适。

将gene_name作为Gene::GeneTable本身的方法会更有意义，即：

package GeneTable;

...

sub gene_name {
    my $self = shift;
    my $gene_name = ... # do something with $self->symbol
    $gene_name
}

...

这样->gene_name方法在任何上下文中都可用于任何GeneTable对象。

更新 后OP最初的两点意见

听起来好像gene_name() （可能应该称为gene_aliases() ）是Gene对象的一种方法。 将此类转换放入Controller并不遵循良好的MVC理念。

大概您在某个地方有模型代码-MyApp / Model / Gene /最有可能-并且此子项应该位于Gene/GeneTable.pm 。 然后您可以这样使用它：

[%- FOREACH g IN gene_list -%]
    [% g.symbol %]<br/><ul>
    [%- FOREACH gn IN g.gene_name -%]
    <li>[% gn %]</li>
    [%- END -%]
    </ul>
[%- END -%]

在模板中以及其他任何地方，您都有GeneTable对象或其集合。

更新＃2 以下更新的问题

当您在列表上下文中调用DBIx:Class将返回对象数组。 也许您需要添加一些Data::Dumper->Dumper()调用以获取每个步骤所返回内容的句柄。

我建议您在调用->search()之后立即添加以下行：

$c->log->debug("gene_list contains: ", Data::Dumper->Dumper(\@gene_list));

...以及填充后的@gene_aliases等效调试。

这可能会使您更清楚地了解从搜索中得到的结果，但是我Gene::GeneTable猜测您正在获取Gene::GeneTable对象。