有没有办法使用 StatET Eclipse 插件的外部工具功能来 knitr 和生成 .rmd 文件？

Question

我正在成为可重复分析和 Sweave、Beamer 以及特别是 knitr 包的粉丝。

RStudio 允许一键 Sweave 和 knit 文档，但 RStudio 虽然易于安装，但它非常不稳定，不具备 Eclipse StatET 插件的成熟度和灵活性。 在询问有关 knitr 和 RMarkdown 的问题时，大多数教程或列表服务倾向于参考 RStudio IDE，但关于如何使用 knitr 包安装 Markdown 文件并将其转换为.Rmd 。 Jeffrey Horner 在宣布 R 降价包时说：

“与 RStudio 合作创建的 Markdown 文档到 HTML。它在其同类最佳的 IDE 中提供了完整的 R Markdown 功能集，但是用户可以将 Markdown 集成到他们自己选择的工具链中。”

最后一句话是我一直想不通的。 在其他地方，我看到有人建议使用library(knitr); knit('myfile.Rmd')手动 knitr library(knitr); knit('myfile.Rmd') library(knitr); knit('myfile.Rmd') ，但是，当我尝试这样做时，我收到一个错误：

Warning in file(con, "r") :
  cannot open file 'My file.Rmd': No such file or directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection

我能够使用以下方法将My file.md文件转换为 html：

library(markdown)
markdownToHTML(file = "C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile", output="C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile.html")

但是，R 代码没有运行，我怀疑我需要先.Rmd文件。 任何有关如何能够在 StatET 或 Rstudio 以外的其他地方 knitr markdown 文件的帮助或说明将不胜感激。

我在 Windows 7 Professional 操作系统上使用 R 版本 2.15.1 (2012-06-22)。 Eclipse 版本：3.8.0 和 StatET 3.0。

Answer 1

一种方法是使用R 片段：

1) 创建一个 stateET R 项目，其中包含此文件https://raw.github.com/yihui/knitr-examples/master/001-minimal.Rmd 。

2) 在 Windows-> Preferences -> StatET -> Run/Debug -> R Code Snippets

单击“添加...”。 创建一个名为Rmd2html的新片段。 片段内容：

file <- "${selected_resource_loc}"
if (!nzchar) stop('Select a file first')
library(knitr)
library(markdown)
library(tools)
md_file <- knit(file)
html_file <- paste(file_path_sans_ext(md_file), '.html', sep = '')
markdownToHTML(md_file, html_file)

单击“确定”、“确定”。

3) 回到您的项目，在Project Explorer视图中，右键单击minimum.Rmd文件，然后选择“Run Code Snippet in R -> Rmd2html”

这应该会生成 minimum.html 文件。