如何在python中将MPI信息传递给ctypes

Question

我的动机是将MPI信息有效地从python传递到通过ctypes调用的C函数。 我将mpi4py用于python中的MPI绑定。 我想通过一个用C编写并通过python中的ctypes调用的简单示例MPI代码来学习它。 我已经详细说明了以下步骤以及在下面运行时遇到的错误。

C代码 [ passMpi4Py.c ]

#include <stdio.h>
#include <mpi.h>

void sayhello(MPI_Comm comm)
{
  int size, rank;
  MPI_Comm_size(comm, &size);
  MPI_Comm_rank(comm, &rank);
  printf("Hello, World! "
         "I am process %d of %d.\n",
         rank, size);
}

我用gcc / openmpi-1.6编译了上面的c代码，如下所示：

mpicc-共享-Wl，-soname，passMpi4Py -o passMpi4Py.so -fPIC passMpi4Py.c

Python包装器 [ passMpi4PyWrapper.py ]

import ctypes
from mpi4py import MPI
testlib = ctypes.CDLL('path-to-file/passMpi4Py/passMpi4Py.so')

testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)

当我尝试通过使用以下代码运行上述代码时

mpirun -np 4 python passMpi4PyWrapper.py

我收到以下错误

Traceback (most recent call last):
Traceback (most recent call last):
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
Traceback (most recent call last):
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
Traceback (most recent call last):
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1
  File "passMpi4PyWrapper.py", line 5, in <module>
    testlib.sayhello(MPI.COMM_WORLD)
ctypes.ArgumentError: argument 1: <type 'exceptions.TypeError'>: Don't know how to convert parameter 1

更新：

在C程序MPI函数中使用* MPI_COMM_WORLD *代替comm可以帮助我消除错误。 但是，我仍然想知道这是否是将MPI信息传递给C程序的最佳方法。

Answer 1

您缺少将Python的MPI.COMM_WORLD（这是mpi4py的Comm类的实例）映射到MPI_COMM_WORLD（这是一个int句柄）的方法。 这可以通过使用SWIG生成包装器来完成。 mpi4py教程的示例与您的示例基本相同，但是添加了SWIG接口文件。

如果您不想使用SWIG，则可以使用C代码执行转换。 如果查看SWIG示例正在导入的文件mpi4py.i，可以看到使用PyMPIComm_Get完成了PyMPIComm_Get 。 mpi4py源附带了一个不使用SWIG的示例 。