如何将给定的公式应用于R中的整个数据帧？

Question

我有一个非常大的数据框（大约700列和4,00,000行）。 示例如下：

           "samp1"             "samp2"              "samp3"
"ct1"   3.45909539741409    4.16162745114877    4.28378657903742
"ct2"   2.45516883029741    2.64529479763739    2.62023669114738
"ct3"   -1.53506396613939   -1.53318358856732   -1.2235498333358
"ct4"   2.54561049516449    1.91067140586626    2.6860636959124
"ct5"   1.08270893850391    0.847112473835081   0.90241673852809
"ct6"   -1.49057768051391   -1.09321836721649   -1.11635564230449
"ct7"   -0.82888593769947   -0.533641693674542  -0.339345700770896

所有列均在每个数字单元格中包含log2值（让我们说“ a”），我希望将它们全部转换为正常值（让我们说“ b”），并具有以下公式：

b = 2 ^ a / [（2 ^ a）+1]

因此，我生成的文件应该与上面类似，但所有转换后的值都为b，而不是a。

谁能帮我这个 ？ 提前致谢。

Answer 1

正如Andrie在评论中所说，您只需将公式应用于数据框即可。 并将其转换为矩阵将使事情运行得更快。 像这样：

DATA <- as.matrix(read.table(text = "samp1             samp2              samp3
3.45909539741409    4.16162745114877    4.28378657903742
2.45516883029741    2.64529479763739    2.62023669114738
-1.53506396613939   -1.53318358856732   -1.2235498333358
2.54561049516449    1.91067140586626    2.6860636959124
1.08270893850391    0.847112473835081   0.90241673852809
-1.49057768051391   -1.09321836721649   -1.11635564230449
-0.82888593769947   -0.533641693674542  -0.339345700770896", header = TRUE))

DATAprocessed <- 2^DATA/((2^DATA) + 1)

Answer 2

创建一些数据

a <- matrix(runif(21), ncol=3,
            dimnames=list(paste0("ct", 1:7), paste0("samp", 1:3)))

a
         samp1     samp2      samp3
ct1 0.36856468 0.1969006 0.21410103
ct2 0.80894310 0.4402108 0.96686681
ct3 0.52169299 0.1410873 0.35899306
ct4 0.75243588 0.5432110 0.85099247
ct5 0.77734048 0.5657070 0.33521023
ct6 0.73011232 0.1539275 0.08615577
ct7 0.08505216 0.4905622 0.13415698

转变：

b <- 2^a / ((2^a) + 1)

b
        samp1     samp2     samp3
ct1 0.5635223 0.5340674 0.5370329
ct2 0.6366183 0.5756963 0.6615437
ct3 0.5894301 0.5244291 0.5618897
ct4 0.6275099 0.5930347 0.6433337
ct5 0.6315359 0.5967925 0.5578276
ct6 0.6238860 0.5266483 0.5149252
ct7 0.5147341 0.5841982 0.5232309