foreach 目录，检查条件然后运行管道 bash 命令

[英]foreach directory, check condition then run piped bash commands

互联网的人们，您好， 首先，我必须道歉，因为我对 makefile 比较陌生，所以我可能会以一种非常不正统的方式来做这件事。 我正在尝试创建一个 makefile -循环遍历指定目录的每个子目录 -检查目录是指定目录还是其中一个子目录 - 通过树运行目录，然后使用删除文件路径的转换生成树的图像。 ...

解析CSV大文件，bash中有异常字符、空格、括号、不规则回车

[英]Parsing a large CSV file with unusual characters, spacing, brackets, and irregular returns in bash

我有一个非常大的 (1.5 GB) 格式错误的 CSV 文件，我需要读入 R，虽然文件本身是 CSV，但由于行返回位置不当，分隔符在一定数量的行后中断。 我附上了一个简化的示例，但它的截断视觉表示如下所示： CSV 中的新行和所有作为/n 的行。 为了解决将其全部加载到 memory 并尝试在其他 ...

Docker 撰写。 调用自定义脚本

[英]Docker Compose. Call a custom script

我有一个简单的docker-compose定义，我想在其中运行一个简单的cmd / bash命令： 注意：这是一个简化的测试。 我不想调用echo ，而是想运行一些更复杂的脚本。 但是，当我运行此配置时，它会抛出以下错误： 不确定tail来自哪里以及如何修复。 看看这个，它应该工作。 如果我删除co ...

调用Bash脚本中断时如何终止Python后台进程

[英]How to terminate Python background processes when the calling Bash script is interrupted

我有一个 Python 脚本 ( test.py )，如下所示：try: while True: print("test: {}".format(argv[1])) time.sleep(1) except KeyboardInterrupt: ...

如何修改vcf文件中的个别代码

[英]how to modify individual codes in a vcf file

我在插补后获得的 vcf 文件中有超过 20k 个人的基因型。 我会给你一个这个 vcf 文件的方面的例子，只有 7 个样本： 因此，从第 10 列开始，个体的基因型开始。 现在，我需要修改这个 vcf 文件的个别代码，以便拥有一个具有以下方面的 vcf 文件： 因此，我只需要序列号，不需要侧翼的东 ...

如何使用 bash 从 vcf 文件中删除 chr

[英]how to remove chr from vcf file using bash

我需要从我的 vcf 文件中删除“chr”。 这是 vcf 文件的方面： 我想要以下一个 我尝试了以下几种方法： 但它们不起作用……有什么建议吗？ 谢谢你！ ...

我如何 curl URL 最后一个未知的文件名？

[英]How do I curl a URL with an unknown filename at the end?

我正在与每天创建一个新的 zip 文件的服务器通信，例如：(data-1234.zip)。 每天都会删除以前的 zip 的名称，并创建一个新的名称，其编号递增，例如：(data-1235.zip)。 该脚本将在一周内偶尔运行，但它位于实验室系统上，用户无法使用服务器上的内容手动更新名称。 服务器在 ...

Bash Shell 脚本：如何限制 getopts 使其只接受一种类型的选项？

[英]Bash Shell Script: How can I restrict getopts so that it only takes one type of option?

我正在使用 getopts 并且对于我只想接受一种类型的字母的选项，但它可以传递多次。 无法弄清楚如何执行此操作，但它应该按照ls -l的方式工作，其中ls -lllllll和ls -l -l -l -l -l都返回相同的内容，并且只运行一次。 所以在这个例子中，我想要./program.sh - ...

仅在命令行 Bash 中更新查询抛出错误

[英]Update Query throwing Error in Command Line Bash only

我尝试从 bash 文件执行以下查询： 通过我的 mysql 客户端执行时，此查询完美运行。 我在 `` 之间包装了一些可能有问题的字段，但 bash 文件仍然返回错误： ...

如何从 bash 中的字符串变量中删除字母？

[英]how to delete letters from a string variable in bash?

例如 和 如何删除等于 var2 长度的空格字符数？ 所以 var 现在将是" |" 而不是" |" 我想用${#var2}减去 var 做点什么，但我不知道如何删除特定字符。 ...

如何使用 powershell 从批处理脚本中运行批处理脚本？

[英]How do I run a batch script from within a batch script using powershell?

如何从 powershell 中的批处理脚本中调用另一个批处理脚本。在 bash 中，我曾经使用 CALL 关键字完成此操作。 powershell 中是否有对应的术语？ 我的问题基本上是使用批处理文件启动开发环境，然后使用第二个批处理文件在该环境中运行一些命令。 我尝试使用类似的东西 我期待它 ...

从 SQL 文件中仅提取服务器版本

[英]Extract only server version from an SQL file

我想要 grep 和 SQL 文件来获取以下信息，但是，我正在努力让它工作 - 我已经尝试了以下方法； SQL 转储中的行是 格式不会改变 - 我只想 grep 服务器版本的实际数字，所以在这种情况下，5.1 ...

Bash脚本MV正在消失的文件

[英]Bash script MV is disappearing files

我写了一个脚本到go，通过脚本所在目录下的所有文件，判断文件名是否包含某个字符串，然后修改文件名。 当我运行这个脚本时，应该修改的文件正在消失。 看来我对 mv 命令的使用不正确，文件可能会转到未知目录。 通过我在 MV 命令中可能犯的错误，我已经尽了最大努力到 go，但到目前为止我还没有取得任何成 ...

以制表符作为分隔符列出目录

[英]Listing directories with tab as delimiter

当我们使用ls -l命令列出 unix 中的文件时，output 是一个以空格作为分隔符的表，例如以下 我想转换为制表符分隔文件（ .tsv ），只需将空格更改为\t ，例如ls -l | sed -E 's/ +/\t/g' ls -l | sed -E 's/ +/\t/g'不起作用，因为文件 ...

运行时出错 npm，找不到模块 'semver'

[英]Error when running npm, Cannot find module 'semver'

我刚刚安装了 npm 和 nodejs。 然而，更新 nodejs 后，运行 npm 给了我这个错误： 我该如何解决？ 卸载nodejs和npm后（然后重装）还是不行。 操作系统： Deepin 23 ...

如何使用 bash 脚本将 json 数据转换为中间没有空格的单个字符串？

[英]how to convert json data into single string with no spaces in between using bash scripting?

如何使用 bash 脚本将 json 数据转换为中间没有空格的单个字符串？ 我有以下 json 数据 我们需要将上面的 json 数据转换为下面的单行 json 数据，没有像下面这样的空格。 我尝试使用以下命令使用tr工具转换它 但是有些字段在键和值之间有空格。 那么我们如何使用上面显示的示例 o ...

在 bash 中的矩阵中合并 header 列，但将同一行中具有值的列分开

[英]Merge header columns in a matrix in bash but keeping columns that have value in same row separate

我想合并矩阵的标题（FS 是选项卡）： 像这样： 我试过这个 但它 forms 下表是不需要的： ...

在“read -p”命令中为变量着色

[英]Coloring a variable in "read -p" command

我想在“read -p”命令中为变量着色。 在另一个主题中，我找到了一种为文本字符串着色的方法，如下所示： 但是，如果我放置一个变量而不是“Foobar”，则不会显示该值，因为单引号会阻止变量 $mmd 的调用。 你知道做这个工作的方法吗？ 我试过： ...

从 bash 脚本调用 python 脚本并获取它的返回值

[英]Calling python script from bash script and getting it's return value

我有 bash 脚本执行一些任务，但我需要操作从配置中获取的字符串（为了简化此测试，它是硬编码的）。 这种操作可以在 python 中轻松完成，但在 bash 中并不简单，因此我在 python 中编写了一个脚本来执行此任务并返回一个字符串（或者最好是一个字符串数组）。 我在我的 bash 脚本中调 ...

连接文件，得到“参数列表太长”

[英]concatenating files, getting "argument list is too long"

我有大约 250,000 个文件，其文件名如下所示： read_\d\d.fasta 运行cat *.fasta > all.fasta命令时出现argument is too long错误。 通常我使用for循环或find当我得到argument is too long错误时。 我如何使用 ...