马尔可夫链 plot。 如何在 plot 中隐藏概率

[英]Markov chain plot. How to hide probabilities in the plot

我有一个巨大的矩阵，我试图更好地可视化它。 我只发现 edge.arrow.size、vertex.size 和 layout 包含在 plot 的细节中，但仍然很难想象 ...

如何在 r 中从组邻接矩阵生成单个邻接矩阵

[英]How to generate an individual adjacency matrix from a group adjacency matrix, in r

我有一个通过物种相互作用（三营养链）表示物种的邻接矩阵： 和一个包含物种丰度的 dataframe： 使用上述方法，是否有一种有效的方法来创建基于个体的邻接矩阵？ 因此 sp3 的所有个体都与 sp2 的所有个体以及 sp1 的所有个体相连。 我会很感激任何指示，我没有设法找到类似的问题，也许是因为 ...

将距 igraph 中节点子集 k 距离的边的权重相加

[英]summing weights of edges that are k distances from a subset of nodes in igraph

我有一个复杂的有向图，在顶点之间有 2 种方式的移动（见下面的虚拟示例）。 我正在尝试生成一个 output ，它将为我提供指向特定目标顶点集的边权重的总和（在下面的示例中，顶点 =“22”，图中为紫色）和那些目标顶点的邻居. 我想为目标顶点的 k1（蓝色）和 k2（绿色）邻居确定这一点。 换句话说 ...

当 igraph 中只有一个组件时，顶点重叠

[英]Vertices overlap when there's only one component in igraph

所以我注意到 igraph 中的默认布局有时会在图只有一个组件时表现得很奇怪，特别是顶点形成重叠的集群。 考虑以下矩阵： 与我将顶点 29 添加到主组件时相比 在这种情况下，我得到下图，它更丑陋。 当然，我可以通过添加一个不可见的顶点或创建我自己的布局来解决这个问题，但我想知道为什么会发生这种情 ...

如何更改 python igraph 中的边缘方向？

[英]How can I change the direction of edges in python igraph?

我有一个带有单个根顶点的有向树图，其中方向似乎是任意的。 我希望所有边缘都从单个根指向各个分支的末端。 我的第一个原始尝试是像下面那样交换源顶点和目标顶点（但假设它不起作用。 是否有 function 或一组允许交换特定边缘方向的功能？ 还是一种无需更改任何顶点属性即可操作边的源/目标属性的方法？ ...

R 中的模拟空间数据表示

[英]Simulated spatial data representation in R

我想可视化以下模拟数据集： 该模拟会随着时间的推移跟踪 7 个人群之一中的感染人数。 人口以循环方式连接。 （使用 igraph 包创建的图像） 我希望创建一个图表，粗略地显示每个人群中受感染的人数，同时也显示人群的连通性。 例如，节点的大小或其颜色可能与感染人数成正比。 但是，对于可视化此数据集 ...

来自 dataframe 的邻接矩阵

[英]Adjacency Matrix from a dataframe

我正在尝试将边缘列表转换为相邻矩阵。 下面是样本数据 如果您运行此代码，您将得到以下 output， 使用这些数据，我想创建一个如下所示的相邻矩阵： 基本上，所需的 output 显示了每对出现在样本数据帧的 v1~v5 列中的次数。 我尝试使用dils库中的AdjacencyFromEdgelis ...

VisNetwork：如何使用 HeatMap 为边缘着色？

[英]VisNetwork: How to color edges using HeatMap?

让我们有一个包含边及其权重的数据框，如下所示。 我使用Igraph库构建的图形如下。 我试了一下，根据它们的重量范围给边缘上色。 下面是我的代码，如果边缘的权重在 0.4 到 1 之间，我将边缘着色为紫色。这是我为边缘着色的代码。 这种配色方案的问题在于一组边缘具有相同的颜色，即权重在 0.4 到 ...

Python - igraph 查找特定类别的所有顶点

[英]Python - igraph find all vertices of specific category

您好，我在 python 中的库 igraph 存在以下问题。 我做了一个这样的简单树： 使用命令 p.vs.find(category=1)["label"] 我想找到所有类别与 1 相同的顶点。这意味着我需要一个列表 ["Anna", "Peter"]。 但由于某种原因，我的结果只是： 我怎样才 ...

Python：igraph - 将 vertexseq none 值设置为特定值

[英]Python: igraph - set vertexseq none value to a specific one

我想了解更多关于 igraph 库的信息。 我想制作一个简单的图表，其中包含在不同时间标记的两个节点。 在 igraph教程中，我发现在生成图表后完全可以使用 label 列表。 它适用于代码： 但是，如果我想一步一步地绘制 label 图表。 这意味着我首先要添加一些顶点然后 label 它。 然 ...

有没有办法将一个图链接到另一个图（igraph）的任何特定顶点？

[英]Is there any way to link a graph to any particular vertex of another graph (igraph)?

我想通过将 Graph 的节点一个连接到另一个来连接两个独立的图例如，我有两个图 G & H G = 1-3,1-5,5-9,5-21,21-22 H = 0-31,31-32,31-34,31-35,35-88 我想通过将图 H 的节点 0 连接到图 G 的节点 5 来将图 H 与图 ...

Igraph - 在节点之外获取箭头

[英]Igraph - get arrow outside of node

我正在尝试创建具有定向连接的网络。 我正在使用 igpraph 但结果看起来很难看。 这是我的示例数据代码： 这是我的结果图片： 主要问题： 箭头在矩形内。 矩形尺寸不适合 label。 如何修复它们？ ...

如何从图形 object 到图形 object 的 go？ (右)

[英]How to go from a ggraph object to an igraph object? (R)

我想创建一个交互式扩充 map。 我使用了来自emapplot package 的emapplot function 来执行此操作。 但是这个 function 返回 static plot。 我想使用（最好） visNetwork package 使其具有交互性。 emapplot funct ...

igraph 中的 2 个链接而不是 2 向链接

[英]2 links instead of 2-way link in igraph

我需要绘制并保存到 SVG 一个具有定向连接的网络。 我从这里举了一个例子： https://www.r-graph-gallery.com/251-network-with-node-size-based-on-edges-number.html 这是我的数据示例： 结果图片： 没关系，除了这部 ...

如何 plot 保存节点位置和 ID 的 igraph 子图？

[英]How to plot the igraph subgraphs with saving the nodes' positions and ids?

我有一个 igraph G，我需要在图上以相同的布局对两个重叠的子图 G1、G2 和 plot 进行采样。 我的尝试如下： 我的 ID 和标签问题。 问题。 如何 plot 保存节点位置和 ID 的igraph子图？ ...

绘制神经网络的工具

[英]Tool for drawing neural networks

我正在尝试找到一种工具来复制以下神经网络图： 使用igraph可以轻松绘制节点和边。 但是，我不确定igraph是否可以用来复制图中的其他部分。 请你帮助我好吗？ ...

从长数据或单列变量（或其他共享分析）生成节点/边矩阵

[英]Generate a node/edge matrix from long data or single columns of variables (or other shared analyses)

我试图找出几个集群（节点）之间共享和独特特征的数量并将它们可视化。 我拥有的数据分为两列。 我想我需要把它变成目标/源格式，但我无法从这个当前格式中弄清楚。 以下是一些示例数据： 我想显示集群1与其他 1 个集群共享a ，集群1与其他 2 个集群共享b ，集群2与集群3共享i等。 我已经尝试了很多 ...

如何将值向量分配给 R 中 igraph 中的顶点 label？

[英]How to assign a vector of values to a vertex label in igraph in R?

假设，我在igraph中有一个包含 3 个节点和 3 条边的图，如下所示： 它工作得很好。 但我想将 label 分配给每个具有不同长度的节点。 例如： 在我对图表的分析过程中，每个节点的标签长度可能会发生变化。 我怎样才能做到这一点？ ...

生成有利于独特集团的图

[英]Generating graphs favouring unique cliques

对于我正在进行的研究项目，我需要生成随机图，这些图有利于形成不包含相同节点的最大集团的集团。 例如，Barabási–Albert model 可以生成包含大团的图，但由于优先附着，这些团主要具有相同的节点。 虽然我更喜欢使用现有的包，如 Networkx 或 IGraph，但我可以实施已经正式生成 ...

如何使用 R 为多路复用网络中的边缘着色

[英]How to colour edges in a multiplex network with R

我目前正在分析基于我自己创建的数据集的多路复用网络。 我希望能够plot 网络，我可以通过多路复用网络为两种类型的边缘分配不同的颜色。 这个网络的边缘列表是这样的多路复用网络称为 multi_g 它是 igraph object 两种类型的关系是trade_tie 和bilateralaid_tie ...