如何获取集群的成员而不是 igraph 中的索引
[英]How to get the members of the clusters instead of index in igraph
我已将 Leiden 算法应用于图形，并希望检索每个聚集索引的实际数据。 目前我有 12 个集群并且正在尝试获取第一个索引数据，以便我可以将 id 转换为名称以便交叉检查数据。 现在，当我试图获取索引为 0 的集群成员时。我正在获取结果的索引，因为我需要集群的实际数据。 由于我是 igraph ...
使用 matplotlib 子图绘制多个图不显示边缘颜色
[英]Plotting multiple graphs with matplotlib subplots does not show edge colors
我正在使用igraph分析网络并找到一种特定类型的三元组作为主网络的子图。 我成功地做到了，但现在我正在尝试使用matplotlib在多面板图中绘制这些子图。 结果图按预期显示了所有子图，但没有边缘的颜色（我已经在主网络中定义）。 我知道颜色是在子图中捕获的，因为当我单独绘制它们时，颜色就在那里 ...
R中的igraph：有效计算多组顶点之间的边数
[英]igraph in R: efficiently count number of edges between multiple sets of vertices
我想计算给定图的边数矩阵，并将该图划分为组。 我目前的解决方案不适用于大图，我想知道是否可以加快计算速度。 我想为此使用igraph R 包，因此对于图G和两组顶点set1 ， set2我目前使用 igraph 的%->%运算符计算从一组到另一组的边数。 我想知道是否有更快的方法可以在i ...
R ggraph / igraph geom_edge_link2 为因子变量定义自定义颜色
[英]R ggraph / igraph geom_edge_link2 define custom color for factor variable
我正在尝试更改边缘的颜色。 目前图表显示如下 虽然根据图形属性“Polarität”（极性）对边缘进行着色，但我想将其从默认的 ggplot 红色和蓝色配色方案中切换。 我对如何做到这一点感到困惑。 提前致谢 ...
计算R中节点igraph的加权入度，加权出度
[英]calculate Weighted In-Degree, Weighted Out-Degree of a node igraph in R
我有一个由以下代码生成的图表： 该图应如下所示： 我的预期输出是计算加权入度，加权出度。 十分感谢 ...
图中的一组指定节点是否连接？
[英]Are a specified set of nodes in a graph connected?
我是在 R 中使用图表的新手，并且无法找到解决此问题的方法。 做一个简单的图表 我想要的是能够定义一个函数，该函数将图形和一组节点作为参数，以及关于这些节点是否连接的逻辑输出。 例如 任何帮助表示赞赏 ...
使用 R 中的附加属性表在网络图中定义节点形状
[英]Defining Node shape in a Network plot with an additional attribute table in R
我正在绘制一个网络，它包含两种不同类型的节点，我想用不同的形状对其进行可视化。 为此，我制作了一个附加表，在该表中我使用二进制系统指定了哪种结构是哪种类型。 现在我想在我的绘图函数中指定带有 1 的结构是三角形，而带有 0 的结构是圆形。 我的网络数据采用邻接矩阵的格式（我使用 igraph），我使 ...
从具有多列的 dataframe 创建有向邻接矩阵
[英]Creating a directed adjacency matrix from a dataframe with many columns
我想从这样的数据创建一个有向邻接矩阵： x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8 1个 1个 1个 1个 1个 1个 1个 2个 22 22 22 3个 3个 3个 2个 3个 3个 3个 3个 5个 5个 2个 3个 23 其中列代表时间状态。 邻接矩阵应反映以下逻辑 ...
使用 iGraph 在 Julia 中生成随机配置模型图
[英]Generating random configuration model graphs in Julia using iGraph
最近我开始在 Julia 中使用 iGraph 来生成随机配置模型，因为 LightGraphs 在这些对象的时间实现方面存在问题（链接到与此相关的上一个问题： random_configuration_model(N,E) 在 LightGraphs.jl 上需要很长时间）。 为了生成这样的图，我 ...
R Studio 中止大型数据集？
[英]R Studio Aborting with large dataset?
我正在比较质谱峰以在 R Studio 中创建分子树状图。 我有 88,336 个元素，总内存为 48.2 MB。 我在具有 64 GB RAM 和 Intel(R) Core(TM) i9-9900k CPU @ 3.60 GHz 的桌面上运行它。 我正在计算igraph网络中峰值的距离，'ne ...
在r中用igraph查找两个顶点之间的最短路径长度？
[英]Finding length of shortest path between two vertices with igraph in r?
这是我第一次将 igraph 与 r 一起使用（也是我的第一个堆栈溢出问题），我试图在图上找到最短路径。 我知道如何使用get_shortest_path来查找最短路径将通过的顶点列表，这似乎工作正常。 我的问题是我无法轻松弄清楚如何找到距离。 我知道distance函数，但似乎在有向图上找不到距离 ...
R count 图中子图/组件的数量
[英]R count number of subgraphs/components in a graph
有谁知道任何 R 包或方法来计算图中子图的数量？ 我知道 igraph 可以处理图形的一些测量，但我没有找到相关的函数来计算图形中子图的数量。 例如，下图中的子图数应为 4。 非常感谢！ ...
带有make_bipartite_graph（）的edgelist中的二分图-无效的顶点ID错误
[英]bipartite graph from edgelist with make_bipartite_graph() - Invalid vertex ID error
第一次发帖，请见谅。。。 问题：我正在尝试使用边向量和类型向量在R中使用iGraph函数make_bipartite_graph() ，但是我遇到了关于Vertex IDs的错误： 错误 - 在 core/misc/bipartite.c:527：无效（负数或太大）顶点 ID，无效顶点 ID ...
igraph 中的双箭头和清晰的字母
[英]Double Arrows in igraph and legible lettering
网络分析：（ https://i.stack.imgur.com/nEVCi.png ） 我想避免在某些边缘的末端出现双箭头。 相反，我希望看到两个不同的边缘。 我也希望箭头的标签清晰且不重叠 ...
使用 igraph::E()[] 和 igraph::edge_attr() 按边缘属性选择边缘时，我得到不同的（意外）结果，为什么？
[英]I get different (unexpected) results when selecting edges by edge attribute using igraph::E()[] and igraph::edge_attr(), why?
从使用 igraph 构建的图形中，我尝试使用 igraph::E()[] 和 igraph::edge_attr() 按边属性选择边。 在选择条件中稍微更改我的代码，我会得到不同的结果应用选择。 我觉得这出乎意料。 我无法解释。 请让我知道为什么。 首先，认识到 到目前为止一切顺利，我猜。 ...
有没有办法在 igraph.networks 上使用重叠社区聚类算法？
[英]Is there a way to use overlapping community clustering algorithms on igraph networks?
我有一个 igraph.networks 列表 object，我想对其应用重叠社区算法。 我知道 igraph 中的cluster_fast_greedy和cluster_edge_betweenness是分层算法，但它们似乎不符合我的目的。 linkcomm package 中的 OCG 集群 ...
累积循环，包括来自向量的最后一个变量
[英]Looping cumulatively including the last variable from a vector
我有一个网络/图（ test_FINAL ），我想从中删除下面的一组顶点： vertex <- c(1, 3, 7, 9, 10) 这个想法是在删除顶点后运行clustering analyses 。 例如，在第一次迭代中，应该删除顶点#1，然后删除顶点#1 和#3，以及随后的#1、#3、 ...
R找到从所有孩子到所有父母的所有路径
[英]R find all paths from all children to all parents
在能源系统中工作，我试图识别从父母到孩子的所有路线，在下图中使用 R 表示。 我已经找到了非常有用的库igraph ，但无法实现我的目标。 我是图论的新手，因此在使用错误的术语时请多多包涵。 我正在寻找结果，例如1 -> 2 -> 3 1 -> 2 -> 4 5 -> ...
更改多边 igraph 中的顶点顺序
[英]change order of vertices in multiple edge igraph
我已经用 igraph 制作了一个.network，但我无法更改顶点的顺序。 这是数据： 我的代码创建了一个多边图（即连接两个顶点的多条边），其中边的权重由数据中的“估计”确定。 保留 'layout=layout.circle' 参数很重要，因为它应该看起来像我制作的 another.networ ...