更改 igraph 包的特征值计算的默认 ARPACK 选项

[英]Change default ARPACK options for eigenvalue calculation for igraph package

根据CRAN igraph docs ， arpack_defaults()提供默认值。 我应该能够提供一个命名列表来覆盖默认值，但我无法使语法正确。 它适用于spectrum() ，但不适用于centr_eigen() 、 eigen_centrality()或evcent() library(i ...

为什么在 igraph 网络可视化上绘制后，外围位置的节点（顶点）具有更高的介数中心性分数？

[英]Why nodes(vertices) in peripheral positions have higher betweenness centrality scores after plotting on the igraph network visualization?

我使用“igraph”包计算了矩阵的中介中心性并获得了分数。 绘制网络后，我发现位于网络外围位置的节点（顶点）与更多位于中心的节点相比，具有更高的介数中心性分数。 由于中介中心性的定义是由“通过顶点或边的测地线（最短路径）的数量”定义的。 在那种情况下，更多的中心节点是否应该具有更高的中介中心性？ ...

创建包含相互对的边缘列表

[英]Create edgelist that contains mutual dyads

我有一个边缘列表，我想在其中保留相互选择的二元组（例如，1 -> 4 和 4 -> 1）。 然而，在最终的边缘列表中，我只想保留一行而不是两行的相互对（例如，只有第 1 行 -> 4 而不是第 1 -> 4 和 4 -> 1 行）。 我该如何做到这一点？ 这是数据集： ...

使用 python igrapg 保存图形：RAM 中的 ""killed"" 程序

[英]save graph with python igrapg: ""killed"" program by the RAM

我正在尝试使用 igraph 包在 python 中通过 picklez 保存我的图形文件。 我正在使用的代码如下： 我收到以下消息（在构建网络后和 G.write_picklez 期间）： 我的系统资源：64G内存，8核CPU，30G免费存储，而且都是免费的。 我也使用了其他格式，但我 ...

在 R 中使用 igraph 转换顶点属性

[英]Converting Vertex Attributes with igraph in R

我一直在尝试将使用以下命令创建的顶点属性转换为整数： 但是，当我尝试检查以确保它正确完成时，我得到以下信息： 我检查错了吗？ 转换错误？ 非常感谢您的关注。 ...

Delaunay 图和 Igraph

[英]Delaunay plot and Igraph

我有一组 (x,y) 坐标，我想使用这些 (x,y) 坐标创建一个图形 (igraph)。 首先，我从这一点创建 Delaunay 三角形，然后使用“delaunay.simplices”来查找边以在 igraph 中使用它。 问题是我的数据点几乎在一个完整的圆上弯曲（它是视网膜细胞的位置）。 问题 ...

igraph R，在graph_from_data_frame中发出

[英]Igraph In R, issue in graph_from_data_frame

我想在 R 中创建一个 .network，其中节点存储在论文中，边缘存储在引用中。 但是，我收到一个错误。 我是这个领域的新手，希望有经验的用户能提供一些帮助。 我想呈现论文之间的引用关系请访问链接查看完整项目： https://github.com/virani1997/Information_O ...

拆分列 Pd.DataFrame

[英]Split columns Pd.DataFrame

我有一个由 Igraph 生成的 Pd.Dataframe，我想知道如何拥有一个更干净的表： 我有的： 我只想要自由度和中心性值： 非常感谢你。 ...

在 R 中使用 igraph 或 sfnetwork 的 Strahler 流排序

[英]Strahler stream order using igraph or sfnetwork in R

我无法理解如何在 R 中推导strahler 顺序。这是postgres和neo4j中的一个示例。 R中的尝试 共有三个规则（来自GRASS 7.8 手册）： 如果该节点没有子节点，则它的 Strahler 顺序为 1。 如果该节点只有一个且只有一个 Strahler 最大阶为 i 的支 ...

如何使用圆形树/离开布局正确绘制树（27k 节点）

[英]How to properly plot a tree (27k nodes) using a circular tree / leave layout

我有这个（不平衡的）树，有 27k+ 个节点。 这是一个层次结构。 现在我会这样绘制它以获得类似这样的情节（不知道你会如何描述它，但我会称之为圆形叶子树......？ 但是，不幸的是，我无法达到这样的结果。 我已经尝试过igraph 、 Networkx 、 Maltego 、 Graphvi ...

使用 R 在网络图中根据连接的节点大小缩放边的起点和终点

[英]Scale the start- and end-point of the edge against the connected node size in the network plot using R

提前感谢您的帮助！ 我的问题是，给定一个集合列表，我如何使用网络图可视化两个集合中任何一个的重叠，如下所示？ 请随时生成任何集以供演示。 或者您可以使用以下简单集。 ...

如何将我的 dataframe 转换为我可以在 R 中进行网络可视化的内容？

[英]How do I convert my dataframe to something I can make a network visualisation of in R?

我在 R 中有一个 dataframe，其中每一行都是一首歌，每一列都是合作这首歌的艺术家。 我想想象哪些艺术家一起工作。 我想我可以做某种.network 分析，但我不知道如何将我的 dataframe 转换为 a.network，或带有节点和边或顶点的东西。 我想我需要计算（然后可视化）的是每 ...

使用另一个 dataframe 突出显示 Igraph plot 中的某些元素

[英]Highlighting certain elements in Igraph plot using another dataframe

我正在尝试构建一个.network 图。 请参阅下面的水果示例。 实际上，我的数据集更大并且包含不同的数据，但为了清楚起见，我对其进行了简化。 输入密码 这将返回以下 plot 我的水果： 我现在想用不同的颜色给顶点上色。 我有一个列表，指定哪些应该用“浅蓝色”着色。 请参阅下面的输入： 所以我想 ...

基于频率的 R 中的边缘大小

[英]Edge Size in R based on frequency

给定一个具有多个边的矩阵（即，随着时间的推移，相同的两个节点多次连接），我希望能够使用该边出现的频率来计算可视化的权重。 有没有办法做到这一点？ 例如，如果边缘列表来自： 那么生成的边缘属性应该显示 a 到 b 的更宽边缘，因为这发生了两次，而 a 到 c 的边缘更窄，因为这发生了一次。 我正在使用 ...

R：更改特定顶点的顶点属性

[英]R: Change vertex attribute of a particular vertex

我有一个如下所示的网络： 我希望用黑色替换 V(g)$color 中的 NA 值，用数字替换 V(g)$weight。 谁知道如何为特定顶点设置顶点值，尤其是具有 NA 顶点属性的顶点？ ...

R igraph：快速最短路径

[英]R igraph: Fast shortest path

我正在编写一个脚本来计算 352k 对 983 个节点之间的最短路径，我目前正在为此使用 igraph 的最短路径 function。目前大约需要 35 秒，这对我的应用程序来说不切实际 - 我理想情况下需要它减少到 5 秒左右，但我不确定这是否可行。 我能想到的 shortest.paths 的主 ...

在 igraph 中使用 contract_vertices() 和社区函数时，是否有更简单的方法返回边值？

[英]Is there a simpler way to return edge values when using contract_vertices() and community functions in igraph?

我有一张社区图。 我想要图中一个社区和所有其他节点之间的所有边的边权重。 我需要单独的权重，因为我想对每个边缘权重进行计算（将它们平方，就其价值而言）。 我对这个和这个有一些距离，但这真的很尴尬。 这是我试过的：library(igraph) ## create example graph g1 ...

在 R 中创建具有多列和 N/A 的边缘列表

[英]Creating an edgelist with multiple columns and N/As in R

我正在 R 的 igraph 上工作。 我有一个 dataframe (df) 有 29 列 - 有些行都有值，有些行有NA s。 它看起来有点像这样： 但要大得多。 我无法从这些数据创建边缘列表并尝试过： 但不断收到此错误： h(simpleError(msg, call)) 中的错误：在为 f ...

如何定义 vetrex 收缩的映射？

[英]How to define the mapping for a vetrex contraction?

我有一个图表 $G=(V, E)$。 我需要按照规则进行 vetrex 收缩： 找出所有度数大于2的关节顶点，将所有只能通过该顶点到达的顶点收缩到其中。 左边是原始图，右边是预期图。 需要注意的是：“14”、“8”和“3”可以是多于一个顶点的子图，而不是叶子“14”。 首先，我找到了桥边（红色） ...

R：使用列中的逗号分隔值制作网络图

[英]R: Making a network graph using comma separated values in a column

有没有办法像这样制作一个.network图，例如： 其中(12,14,15)将是 a.network， (17,20,25)将是 a.network， (20,39,46)也将是 a.network，但是来自Green和Blue的20将被连接。 是否有 function ，或者我是否必须手动拆分逗号 ...