R/Javascript：折叠和扩展网络

[英]R/Javascript: Collapsing and Expanding Networks

赏金将在 6 天后到期。 此问题的答案有资格获得+100声望赏金。 stats_noob正在寻找来自信誉良好的来源的答案： 您好，我有兴趣了解可以尝试在 R 中解决此问题的不同方法。最后：最终的 output 应该是一个（独立的）HTML 文件，可以离线查看。 注意：我不是在寻找 Rshiny ...

重新排列图表上的点

[英]Re-arranging points on a graph

赏金将在 7 天后到期。 此问题的答案有资格获得+50声望赏金。 stats_noob正在寻找来自信誉良好的来源的答案： 你好？ 有人可以告诉我如何使用 R 中的 vi.network 执行此操作吗？ 谢谢！ 我正在使用 R 编程语言。 我有以下数据集： 我根据这些数据制作了以下 graph.n ...

R igraph package 如何计算 Closeness Centrality？

[英]How does the R igraph package compute Closeness Centrality?

我有以下网络： 并想了解如何计算 this.network 中的 Closeness centrality。 根据我对文档的理解，Closeness 是从一个顶点到 .network 的每个其他顶点的所有最短路径的平均值的倒数。 直觉上，我会这样计算它： 但是，这很可能是不正确的，因为用于计算接近 ...

将 python-igraph 图转换为.networkx

[英]Convert python-igraph graph to networkx

最近我一直在使用 python-igraph package，我的所有代码都基于我使用 igraph 创建的图形。 现在，我需要为我的图形计算一些度量，这些度量显然是在 .networkx 中实现的，而不是在 igraph 中实现的，例如 (katz_centrality_numpy, edge_ ...

等同于 R igraph graph_from_data_frame() function in Python igraph？

[英]Equivalent of R igraph graph_from_data_frame() function in Python igraph?

在 Python igraph 中是否有等效于此 igraph R function的 igraph？ graph_from_data_frame（d，定向= TRUE，顶点= NULL） 这个 function 从一个或两个包含（符号）边列表和边/顶点属性的数据帧创建 igraph 图。 ...

python-igraph closeness centrality生成的不合理output

[英]Unreasonable output generated by python-igraph closeness centrality

我目前正在研究几个图来生成它们的边缘介数和节点紧密度，使用 python-igraph，设置为未定向、加权和截止。 可以成功获取边介数。 但是对于closeness，只有在没有设置cut-off的情况下才能返回结果； 或者 output 只能是 1 或 NaN。 无论图表的大小和权重如何，都会发生 ...

R 中的 igraph：合并 2 个图时缺少边

[英]igraph in R: Missing edges when merging 2 graphs

我在 igraph 中制作了 2 个 distinct.network 并想将它们合并到一个图中。 每个单独图的每条边都需要出现在组合图中，但缺少多条边。 如何让每条边出现在合并图中？ 一个可重现的例子 这些图表的结果如下： 问题脱节图：顶图：顶点 C 有 6 个入边； 1 条出边 下图：顶点 ...

使用具有预期幂律度分布的图的度数据拟合幂律时的小 KS p 值

[英]small KS p-value in fitting power law using degree data from graph with expected power-law degree distributions

我正在使用 igraph fit_power_law package 中的 fit_power_law function。function 返回“KS.p”（Kolmogorov-Smirnov 检验的 p 值）作为适合度的显着性检验。 据我了解，KS p 值越小，就越有可能拒绝数据来自幂律分布的假 ...

安装 Cairo 和 PyCairo Mac OsX

[英]Installing Cairo and PyCairo Mac OsX

我正在使用 python iGraph 进行网络可视化。 当我尝试 plot 图表时，我收到了他的错误消息： 我认为我没有正确安装 Cairo 或 PyCairo。 我不熟悉使用 Fink 或 MacPorts，因为我通常使用 Homebrew。 任何帮助你将不胜感激。 ...

igraph 节点注释带有外部注释信息

[英]igraph node annotation with external annotation information

这是在我有 colors 来自我想要的模块 label 的地方解决的问题。现在我想知道如果我有另一个节点文件我该如何放置注释我想要我的图表像这样或类似的东西 他们根据基因的功能富集对网络进行了注释这是我生成基本图我的文件的基本代码 Plot 数据 V(g) # 节点 V(g)$name # 每个节 ...

根据模块 colors 属性给节点和边着色

[英]Coloring nodes and edges based on module colors attributes

我有简单的 dataframe，这是我在运行 WGCNA 后获得的，其中相关性已变成 object 的边列表，我给出了一个小子集 我的 dataframe 看起来像这样 在我上面的一小部分数据中，我有两个模块组合，可以在module1列上看到，这是我的源列和moduel2我的目标列颜色以及前两列中的 ...

如何为二部图中的特定节点着色？

[英]How to color specific nodes in the bipartite graph?

我使用 igraph 绘制了一个二分图。 我想用不同的 colors 为我感兴趣的特定节点着色。 我使用的代码是 bmat=as.matrix(read.csv(file = "/home/tejaswini/Desktop/Butterflyplantdata.csv", sep = "\t", ...

从 R 中具有边属性的表创建边列表

[英]Create a edgelist from a table with edge attributes in R

对于带有 igraph 的 a.networkanalysis，我想从一个表中创建一个边缘列表，该表具有包含在 Origin 变量中的边缘属性。 我导入了一个 excel 文件，看起来像这样 之后我将第二列分成多列并修剪空格。 这是我的数据集的一部分。 我已经通过将数据框转换为矩阵并使用 cbind ...

igraph 中的节点大小为 R

[英]node size in igraph with R

我有这样的矩阵来构建有向图（社会图）： 在此处输入图像描述然后我根据以下代码构建图表： 在此处输入图像描述有没有办法根据进入节点本身的箭头数量来更改节点大小？ 不知道如何解决 ...

igraph in R：有向图（带箭头）导致顶点颜色透明

[英]igraph in R: Directed graphs (with arrows) causes vertex color transparency

我在R中使用 package igraph能够连接到 plot a.network。 但是，当在graph_from_data_frame命令中传递directed = TRUE标志时，它会在 R Studio 的 plot 窗格中准确显示。 但是，一旦我预览为 PDF（导出，另存为 PDF，预览） ...

如果我计算 a.network 中节点的 hub 分数并设置“scale = TRUE”，那么最高和最低的 hub 分数总是 1 和 0 吗？

[英]If I calculate hub scores for nodes in a network and set "scale = TRUE", are the highest and lowest hub scores always 1 and 0?

我想计算 a.network 中节点的集线器分数。 我在 R 和 function“hub_score”中使用 igraph。 在这个 function 中是参数“scale”，它可以设置为 TRUE 或 FALSE。 如果我将其设置为 TRUE，.network 中最高的 hub 分数是否始终为 ...

R 中的 qgraph 缩短了节点标签

[英]qgraph in R shortens node labels

我在 R 中使用 qgraph。它会自动缩短节点标签，这非常有用。 但是我如何要求它使用完整的标签呢？ 这是一个例子。 ...

要替换的网络顶点数不是替换长度的倍数

[英]Network vertices number of items to replace is not a multiple of replacement length

我正在 R 中构建 a.network。My.csv 输入文件是一个包含多列和多行的列表。 第一列包含边从这些顶点到其他顶点的顶点。 第二列包含第一列顶点的边将到达的顶点。 由于第一列中列出的顶点可能有几条边通往不同的顶点，因此第一列中的顶点包含许多重复项。 但是，在 .network 中它们只会显 ...

更改 igraph 中的边缘大小

[英]Change edge size in igraph

我想要 plot 一个简单的星图，其中边的大小取决于代表中心节点（例如领导者）和其他节点（例如其员工）之间感知差异的分数。 我成功修改了colors，节点的大小，边缘的宽度但不是后者的大小。 你会怎么做？ ...

设置 igraph 中权重和节点标签的字体文本大小 package

[英]Set the size of font text for weights and nodes labels in igraph package

我想画一个小图增加其fonts的大小。例如，以下代码： 绘制图形 我能够 select 节点标签的字体大小，但我无法指定弧权重的字体大小。 我能怎么做？ ...