标签[igraph] 投票最多问题

[英]What are the differences between community detection algorithms in igraph?

我有一个大约100个igraph对象的列表，其中一个典型的对象有大约700个顶点和3500个边。我想确定哪些关系更有可能的顶点组。我的计划是使用混合模型来预测使用顶点和组属性有多少组内关系顶点。有些人可能想要回应我的项目的其他方面，这将是伟大的，但我最感兴趣的是有关igrap ...

如何 plot 只是 ggplot2 中的传说？

[英]How to plot just the legends in ggplot2?

我目前正在使用 igraph 并用颜色标记我的顶点。我想添加一个说明每种颜色代表什么的图例。此时我能想到的是使用 ggplot2 仅打印图例并隐藏条形 plot。有没有办法只是 output 传说？ ...

R中的网络和弦图很难过

[英]Network chord diagram woes in R

我有一些类似于data.frame d数据如下。我想使用类似于下面的和弦图来探索d$ID成员之间的关系。它看起来有几种选择在R这样做。（ R中的和弦图）。在我的数据中，关系是根据d$Set （非定向）而分组是根据d$Loc 。以下是我尝试将这些关系映射为和弦 ...

我应该使用哪种布局来获得igraph中不重叠的边？

[英]Which layout should I use to get non-overlapping edges in igraph?

我正在尝试使用树状数据构建图形，其中节点通常分成> 2个边缘。我尝试了各种布局，我看到layout.reingold.tilford参数将生成具有非分叉数据的树状图。然而，产出并不是特别有吸引力。我宁愿使用类似layout.lgl或layout.kamada.kawai的东西， ...

python + igraph“绘图不可用”

[英]python + igraph “plotting not available”

我在 RHEL 机器上从源代码安装了 python-igraph 0.5.4 和 igraph 0.5.4（也测试了 0.6）。一切都很好，除非我试图绘制我得到的图。 “类型错误：绘图不可用” 在配置或安装阶段没有错误或警告。我需要在 linux 上安装什么才能使绘图工作？我没有roo ...

如何使用固定位置控制 igraph plot 布局？

[英]How to control the igraph plot layout with Fixed Positions?

我正在尝试绘制一个类似于流程图的网络可视化。我与以下代码相当接近，但我有几个问题：这是最好的 layout() 算法，还是我可以为每个节点手动分配一个 position> 如何确保这些节点不会在 plot 中重叠（就像他们在这里所做的那样）？我可以将一个节点指定为“锚点”或起点吗？即 ...

如何使用igraph和R找到顶点的边缘？

[英]How do I find the edges of a vertex using igraph and R?

假设我有这个示例图，我想找到连接到顶点'a'的边我可以很容易地找到一个顶点：但我需要引用连接到顶点'a'的所有边。 ...

来自 numpy 或 pandas 邻接矩阵的 igraph 图

[英]igraph Graph from numpy or pandas adjacency matrix

我有一个存储为pandas.DataFrame的邻接矩阵：我想从pandas或numpy邻接矩阵创建一个igraph.Graph 。在理想的世界中，节点将按预期命名。这可能吗？该教程似乎对这个问题保持沉默。 ...

igraph库出错 - 不推荐使用库

[英]Error with igraph library - deprecated library

我已经将我的计算机改为Linux Mint x64操作系统，当我尝试执行和我制作的旧程序时，我有一个python库，igraph库的麻烦。弃用警告：为避免与igraph项目发生名称冲突，此可视化库已重命名为“jgraph”。请在方便时升级。我找不到有关如何更改新库代码的 ...

如何将一个igraph拆分为连接的子图？

[英]How to split an igraph into connected subgraphs?

我有一个igraph，其中有几个断开的组件。例如：在此示例中，节点9是它自己的图，节点7和8也是它自己的图，其余的形成第三图。我想分别对待它们，因此我想将单个igraph转换为3个igraph的列表（按连通性拆分）。我破解了一些代码来实现此目的，但是它效率低下而且 ...

如何延长igraph网络图中的边缘（layout = fruchterman.reingold）？

[英]How do I lengthen edges in an igraph network plot (layout=fruchterman.reingold)?

尝试在R中进行网络绘图。如何使用IGraph延长网络图中的边缘？我其实想要使用fruchterman-reingold布局。有什么方法可以使基于力的算法“更加弹性”，以便我的顶点更远？谢谢。 ...

在NetworkX中通过边缘和节点属性查询图表的最佳实践

[英]Best practices for Querying graphs by edge and node attributes in NetworkX

使用NetworkX和新的库，进行社交网络分析查询。通过查询，我的意思是按边缘节点的属性选择/创建子图，其中边创建路径，节点包含属性。该图表使用的是表格的MultiDiGraph 查询有更好的查询方式吗？或者，最好的做法是创建自定义迭代来创建子图？或者（和一 ...

networkx 和 igraph 之间的接口

[英]Interface between networkx and igraph

我已经与 networkx 合作了很长一段时间，直到最近我开始研究社区检测时，它一直在以最小的调整很好地满足我的目的。相比之下，igraph Python 包似乎具有更广泛的社区检测方法实现（甚至与添加了 Thomas Aynaud 社区包的 networkx 相比）。我只是想知道是否有任何现有 ...

igraph创建加权邻接矩阵

[英]igraph creating a weighted adjacency matrix

我正在尝试使用igraph包来绘制（稀疏）加权图。我目前有一个邻接矩阵，但无法获得graph.adjacency函数来识别边权重。考虑以下随机对称矩阵：为了绘图，首先我必须将这个邻接矩阵变成正确的igraph格式。使用graph.adjacency这应该相对简单。根 ...

如何从图中返回顶点ID

[英]How to get vertex ids back from graph

请考虑以下事项现在我想使用我用于从数据帧id <- c("1","2","A","B")创建图形的ID访问图形的特定顶点。假设我想访问第三个顶点 - 最初用“A”标识。有没有办法用类似的东西访问顶点无论如何从name获取id ？也就是说，如果我跑 ...

由标签的子集igraph图

[英]Subset igraph graph by label

我试图通过边缘特征（如其标签）对igraph图进行子集化。在可重复的例子中，我通过一点修改从另一个帖子中无耻地偷走了，我希望能够将最好的朋友关系（BF）与家庭关系（FAM）分开：到目前为止我能做的最好的事情是显示有一种领带的边缘： ...

iGraph图中的顶点名称在哪里

[英]Where are the vertex names in an iGraph graph

我的一般问题是，当使用iGraph生成图形时，我松开了顶点名称/标签（这里不确定正确的单词）。我有一个二分网络的边缘列表IC_edge_sub，如下所示：然后我创建一个图元素：然后折叠它以仅识别companyID之间的连接然后得到邻接矩阵：在iGr ...

链接到外部C库的R包

[英]R package that links to external C library

我有一些利用igraph库的C代码。我想在它周围放一个R包装器，并将其作为R包发送到CRAN。 igraph在CRAN上已经有一个R端口，因此让我的R包'foo'依赖于R的igraph是有意义的。由于foo使用依赖于C igraph的自己的C代码，如何将C函数链接到原始igraph ...

如何在igraph中制作分组布局？

[英]How to make grouped layout in igraph?

在igraph ，在应用模块化算法来查找图形社区之后，我想绘制一个网络布局，清楚地显示不同的社区及其连接。类似于Cytoscape中的“组属性布局”：我希望显示每个组/社区的成员彼此接近，并在组/社区之间保持一定距离。我无法在igraph找到任何提供此功能的功能。在发布这个问题时，我 ...

导入igraph时如何解决AttributeError？

[英]How to solve AttributeError when importing igraph?

当我在我的项目中导入 igraph package 时，我得到一个 AttributeError。这只发生在项目目录中：项目目录下没有 igraph.py 文件：并且没有循环进口。我该如何解决这个错误？ ...