python 2.7大行读取文件

Question

I have a fasta file and I want to print only the sequence

f = open ("NC_007970.fas",'r')
for line in f:
    print line

it prints only the first line > NC_007970

I think the problem is from the fasta file itself it's composed of first line with '>', and the second line is the sequence and no new lines in the sequence itself and its length is about 19000 character

> NC_007970
GTTATTGTAGCTTACACTAAAGCATGGCACTGAAGTTGCCAAGATGGGTAATCAAAATACCCCAAAAACACAAAGATTTGGTCCTAACCTTACTGTTACTTTTTGCTAAAATTACACATGCAAGTATCAGCATACCAGTGAAAACACCCTAGCAATCCTATTAGACAAAGGAGCCGGTATCAGGCACACCATGATAGCCCAAGACACCTAGCTTTGCCACACCCCCAAGGGCATTCAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAGCGCAAGCTCGACTTAATTATAGCAAACATAGAGCTGGCCAATCTCGTGCCAGCCGCCGCGGTTATACAAGAAGCCCAAACTAACAGACAACCGGCGTAAAATGTGGCTAAAAATTTATCTACAAAATTAAGGCGAACCTACAACTTAACTGTTATACGCAAGTACACATTAATACATTATGAAAATAACCTTAACACAATAGAACTATTTGAACCCACTATCGCTAAGGCACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTCAGCCCTAAACTTAGATATTTACTTACAATAATATCCGCCAGAGAACTACGAGCCCAAACGCTTAAAACTCTAAAGACTTGGCGGTACCTCAACCTCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCACGATCTACCTCACCATCCCTTGTCAATTCAGCCTATATACCACCGTCATTAGCTTACCCTGTGAAGGGTACCAAGTAAGCAAAATAACCTAAACAACTAGCAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAACTGAGATGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTTATTAGAAATCACTTAACAGAAAGGACCATGAAATAAGTCCCATAAGTAGGATTTAGCAGTAAACTGGGAACAGAGAGCCCAATTTAAGTCGGTCCTGAGGTGCGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATAATCCTTAAGCATAGATAAACCACAACAAACAAATAGATGAGGCAAGTCGTAACAAGGTAAGTGTACCGGAAGGTGTACTTGGAACATCAAAATATAGCTTATCAAAAGCACTCAGCTTACACCTGAAAGTTGTCCATTAAAATCGGATTATTTTGAGCAACTACCTAGCCCAACTAATAAATATAAAACCCAACAAACAAATTATCCTACCAATAAATCAACTAAAACATTTTACCATCATAGTATAGGAGATAGAAAAGATAATTGGAGCTATAAAGACAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAACATGAAACACTCACCAAGCCAGAAAAAGCAAAGATTAACTCTTGTACCTTTTGCATCATGATTTAGCCAGTACATCCAAGCAAAGAGAACTAAAGTCTGAACTCCCGAAACCAAATGAGCTACTTAAAGGTAGCCTATACCACCATGGGCTAAATCCGTCTCTGTGGCAAAAGAGTGGAGAAACCTTTAAGTAGAGGTGAAAAGCCTAACGAACCTGGTGATAGCTGGTTGCTCAACAAAAGAATATCAGTTCAACCTTAAACCTCCTAACCTAACAACTTTGAAGTAATAGAAGAGAAGTTTAAGATATATTCAACAGGGGTACAGCCCTGTTGAAAAAGGGTACAACCTAAAATGCAGGACAAAACATCAAAGCAAGACCACAGTAGGCCTTAAAGCAGCCATCTCCAAAGAAAGCGTCAAAGCTCACTACAATTAATATCAACACAATTTTTTTCCCCTAAACAACATTGAGCTATTCTATCACCATAGAAGAACTAATGCTAAAATGAGTAACAAGAAGACGAAACTTCTCTTCCGCGCCAACTTAAATCATAATAGATAAACTACTGATTATTACAACCAATATTATAAGATCAACAGTACTTAATACACCATATAAACCCAACTGTTAACCCAACACAGGAGCGCACACAAGAAAGATTAAAATTTGTAAAAGGAACTAGGCAAACATTGAGCTCGACTGTTTACCAAAAACATAGCCCCTAGCAACAATAAGTATTAGGGGTAATGCCTGCCCAGTGACACTGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATAAGGACTAGAATGAACGGCTAAACGAGGTTCTACCTGTCTCTTACAAATAATCAGTGAAATTGGTCTTCCAGTGCAAAACCTGGAATAAAAATATAAGACGAGAAGACCCTGTGGAACTTTAAATACAAATCAATCTATTATTCATACCCACCCACGATGGTTTATCACCAATTAGCACATTGATCCATATTTTCGGTTGGGATGACCTCAGAGTAAAATTAAACCTCTGAACAAAGAACACACCTCCAAACCTAGACCCACCATTCAAAGTGCTTACAGCAAAATGATCCAATACACTTGATCAACGAACCAAGCTACCCCAGGGATAACAGCGCAATCCTATCCTAGAGTCCCTATCGACGATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGTAACCGCTATCAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAATAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATAAATGGGCTTTTTCTAGTACGAAAGGACCGAAAAGACAAGGCCTATTTTTAAAAACAAGCCTTACCTTATATTAGTGAAAGCAACTTAACTAATAATAAGGACAAACCATTTAACCCTAAAAAGGGGTTATTGAGGTGGCAGAGCCTGGTACAAAAGGCCTAAGCCCTTTACTCAGGGGTTCAAATCCCCTCCCCAATAATGAAAGCCCTATTATCAAACCTAATATCCCCACTTATATATATAATCCCAGTCTTAATTGCTGTAGCTTTCTTTACCTTAATTGAACGGAAAACTTTGGGATACATACAACTCCGAAAAGGCCCAAACATCGTAGGACCATGTGGACTTTTACAACCTGTAGCTGATGGTGTAAAACTATTTATTAAGGAACCAGTGTACCCATCAAACTCATCAACTATACTATTTACACTATCACCAATCCTAGCTCTACTACTATCTTTATCAGTCTGACTTCCACTGCCTCTACCATTTCCACTAGCCGACTTAAACCTAGGCCTCCTATTCCTAATTTCAATATCCAGCTTCATAGTTTACTCCATCTTATGATCTGGCTGAGCTTCAAACTCCAAGTACGCCTTAGTAGGGGCACTCCGGGCAGTAGCCCAAACTATCTCATACGAAGTAACCCTAGGAATCATCCTACTCTCCCTAATCCTATTCTCAGGCGGATTCAACATACAAACATTTATAACAACGCAGGAACCTGCGTACCTGATATTCTCATCCTGACCTTTAATAATAATATGGTATATCTCCACATTAGCAGAAACAAATCGAGCACCATTCGACCTTTCCGAAGGAGAATCTGAACTCGTATCAGGGTTTAACGTTGAATACGCCGCCGGCCCATTCGCCCTATTCTTCCTAGCAGAGTACGCTAATATTCTGATAATAAACACCCTCACCACTATCCTATTCCTGAATCCATCCCATATTAACAACACCCCCGAACTATTTTCATTATCATTAGTATCAAAAATAATACTACTCTCAGTAGGATTCCTATGAATCCGCGCCTCATACCCGCGATTCCGATATGACCAGTTAATACACTTATTATGAAAAAACTTCCTCCCTATTACCTTAGCAATGTGCCTCTGACATATATCTATGCCAACTGCCTTCTCGGGGCTACCACCGATGTTATAGGATACGTGCCTGAAATTAAAGGATCACCTTGATAAGGTGAATCATAGAGGCTAAACCCTCTCGTCTCCCTAAAAGAAAGCACCTTTACCTATAAATAACAAAATCCTATACCTGTATATTACTGTACTGAATTCATAAATTACACTACACACAATATTATCTAACCACAAATTAACACTCCATAAACCACTACATTAAAAATACAATATAGTACTATAACAGCATAACCCTTTATAAAATACCCTACAACCCATTTATAACATATATTATGAAATAAACTACCCCTTATTAAAATTACTAACAACTTCTCATAACAAACTACACAAAATCAAGCCAATATATCTTAATTTCTCGACTACAAACAATTTACCAACGTATTATCCCGTTACTTCCATAAATACACAATCCTTTTACCTAACAAACAAATTAAAACCAATTACCCTAACAGCAAAAAACACCAATATTCATCAAAAACCCCAACATATCTGAAAAATAAACTCCCTATTGTACTATTATAGGACCTAAAATACCCAAAACCCCTTTAGGTCAATATAGTTTAAAACAAACATTAGACTGTGATTCTAAAAATAGGAGTGTAAATCCCCTTATAGACCAAGAGAGATCCAACAGTAAGAACTGCTAATTCTTATACCTGAGACTAACACCTCAGCTCCCTTACTTTTAAAGGATAGAAGTAATCCACTGGTTTTAGGAACCATAAACCCTTGGTGCAACTCCAAGTAAAAGAACATGCCAACACCCCCACTGTTAGCCTTAACACATTTTATGACCCTAGCTATCCTGCTAGTTCCACTAGTAATCTCTATACTCACTACAAAAGTGTGAATTATTGAAAAGACAAAAACATCCGTGAAAACAGCGTTTTTTACCTCCATACTATCATTTCTCCTCTTTAAAGCTGAGTCCACCCCTTTCATAGTAATAGACTATAACCTATTAAGCACATCAACCTTCTATGTAAAGCTTAACTTTAAATTTGACCTATACTCCATACTATTTACACCAGTTGCCTTATACGTCTCATGATGTATTTTAGAGTTTTCACAATGATACATAGACAAAGACCCCTATCCCTCAAAATTCGCCAAATACCTACTAACCTTCATTATAGCTATAATAATCCTAGTATCAGCTAATAACCTACTCCTATTTTTTATTGGTTGGGAGGGGGTAGGAATCCTATCCTTCCTCCTAATCGCATGATGGCGAAACCGACCAAACACGAATACATCAGCC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How to get the sequence from such file??

Answer 1

AWRAM, may I suggest you check out the BioPython package?

Specific code I would use to do what you're trying to do would be as follows:

from Bio import SeqIO

file = open('NC_007970.fas', r)
for record in SeqIO.parse(file, "clustal") :
    print record.seq
file.close()

BioPython will parse each FASTA file as an iterator of SeqRecord objects, from which you can query for each SeqRecord's sequence, and use it to manipulate other things too.