[英]Customize colors in ggplot heatmap using scale_colour_gradient
I'm trying to plot a Pearson pairwise correlation heatmap
using ggplot2
and scale_colour_gradient
. 我正在尝试使用
ggplot2
和scale_colour_gradient
绘制皮尔逊成对相关heatmap
。
Here are my example data: 这是我的示例数据:
library(dplyr)
library(ggplot2)
set.seed(1)
pairs.mat <- t(combn(1:5,2))
df <- data.frame(sample1=pairs.mat[,1],sample2=pairs.mat[,2]) %>% dplyr::mutate(association=runif(10,0.85,1))
Here's the ggplot2
code I'm trying: 这是我正在尝试的
ggplot2
代码:
heatmap.ggplot <- ggplot(df,aes(sample1,sample2,fill=association))+geom_tile(color="white")+
scale_colour_gradient(low="gray",high="red",limit=c(min(df$association),1),space="Lab",guide="colourbar")+theme_minimal()+
theme(axis.title.x=element_blank(),axis.title.y=element_blank(),axis.text.x=element_text(angle=45,vjust=1,size=12,hjust=1))+coord_fixed()+coord_flip()+labs(colors="Cor")
My questions are: 我的问题是:
low="gray"
and high="red"
but I'm getting the elements in the blue range. low="gray"
和high="red"
但是我将元素设置为蓝色范围。 How do I fix that? labs(colors="Cor")
. labs(colors="Cor")
更改图例标题。 Any idea about that? Thanks 谢谢
You need scale_fill_gradient
. 您需要
scale_fill_gradient
。
ggplot(df, aes(sample1, sample2, fill = association)) +
geom_tile(color = "white") +
scale_fill_gradient(
name = "Cor", # changes legend title
low = "gray",
high = "red",
limit = c(min(df$association), 1),
space = "Lab",
guide = "colourbar"
) + theme_minimal() +
theme(
axis.title.x = element_blank(),
axis.title.y = element_blank(),
axis.text.x = element_text(
angle = 45,
vjust = 1,
size = 12,
hjust = 1
)
) +
coord_fixed() +
coord_flip()
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