完全是新手，不知道我在做什么。 我已经在 windows 上安装了 ubuntu 现在可以从 Z0F4137ED1502B5045D6083AA25 打开 bash 我还从 Sourceforge 下载了 burrow-wheeler 对准器： https://sourceforge.net/pr ...
所以我试图将这个索引（int）和数据（字符串）实现到一个字典 class 中，它采用上述类型的索引和数据。 这是我的代码： 此代码适用于 <10KiB 的小文本文件，但当我输入大文本文件时，循环似乎永远运行。 它一直运行直到整个 memory 被使用，然后 IDE 崩溃。 我在这里做错了什 ...
我正在用 Python 编写 Burrows-Wheeler 变换及其逆向变换。 它适用于小字符串，但当我测试更大的字符串时它会崩溃。 在某些时候，字符串似乎循环了。 我确定它必须与解码器的最后一个循环有关，但我正在按照在多个网站上找到的步骤进行操作。 我的实现如下： 原始字符串： 罗斯特 ...
我正在尝试在 bwa 程序 (bwa sampe) 中处理具有匹配前缀和不同文件类型的多个输入文件，这是一般结构： bwa sampe /Users/xxx/Desktop/Index_align/GRCh37_latest_genomic.fna H2_S16_L001_read1.sai H2_ ...
bzip2 （即Julian Seward的程序 ）列出了100k到900k之间的可用块大小： 该数字对应于写入压缩文件头中的hundred_k_blocksize值。 从文档中 ，内存要求如下： 在编写原始程序时（1996年），我想想760万（400k + 8 * 900 ...
我想问一下，我们可以结合使用BWT MTF和霍夫曼算法来在Java中获得更高的压缩率吗？ 流程将如何？ 写入MTF文件时出错？ ...
我正在研究Burrows-Wheeler变换，到目前为止，我可以从某些Text中获得它。 现在是时候进行反向过程了，这就是我遇到的麻烦。 输入如下：TTCCTAACG $ A。 那是我的思维方式： 1）计算输入中的As，Cs，Gs，Ts的数目：A：3，C：3，G：1，T：3 ...
上面是我当前在Lua中实现BWT编码的代码。 问题在于表的大小和循环的长度，这需要很长时间才能运行。 对于1000个字符的输入，平均编码时间约为1.15秒。 有没有人建议提供更快的BWT编码功能？ 最大的减速似乎出现在fLexTblSort和fShallowCopy中。 我还包括 ...
通常在 Burrows-Wheeler 变换算法中，一个 $ 字符用来表示字符串的结束，但在很多情况下，这个 $ 被省略了。 我想知道如何在不知道最后一个字符的位置的情况下反转它？ 例如，我有这个 BWT： [[[[[1[[11endgnad1234245ndbnbbb]]]]]]]nn ...
我成功地为我正在编写的压缩测试平台实现了一个BWT阶段（使用常规字符串排序）。 我可以应用BWT然后反BWT变换，输出匹配输入。 现在我想加速使用后缀数组创建BW索引表。 我找到了2个相对简单的，假设快速的O（n）算法用于后缀数组创建， DC3和SA-IS都带有C ++ / C源代码。 ...
如何在Clojure中为Burrows-Wheeler转换惯用旋转字符串？ 我想出了这个，它使用(cycle "string") ，但感觉有点必要： 我不确定这是否符合代码高尔夫的要求。 有更清洁的方法吗？ ...
我已经实现了Burrows-Wheeler变换（BWT）的正向变换。 现在的问题是我无法逆转。 考虑p： BWT的前瞻： 反向的方式是： 请有人帮我。 ...
Burrows-Wheeler Aligner（BWA），一种生物信息学工具（算法），用于将短核苷酸序列定位到参考基因组。 我试图使用Hadoop Streaming运行BWA，但出现错误。 命令： 错误信息： 请提出如何解决此问题的建议？ 谢谢你的帮助。 ...
如果我们将此aaabccba视为输入字符串， baaacacb在对输入应用Burrows-Wheeler变换后， baaacacb将成为输出字符串。 观察输出，您会看到两个成簇的c是分开的。 显而易见，输入字符串将比输出字符串产生更好的压缩效果。 如何确定是否对输入字符串应用Burro ...
使用BWT后，编码数据中需要哪些数据集？ 我们是否需要编码（或导出）后缀数组？ 输入： stackoverflow BWT输出： wtavrcfkle$soo 后缀数组： 13, 2, 3, 7, 9, 4, 10, 5, 11, 8, 0, 1, 6, 12 ...
似乎很多实现BWT的压缩器将它与算术编码或霍夫曼编码结合使用。 （随意提名更多，特别是如果他们更好。） 我的第一个问题是：为什么字典编码器（例如LZW或LZSS）在使用BWT时会更糟糕？ 我的第二个问题是：哪个是最好的全能算法？ ...
我是编码的新手，所以我试图了解基础知识。 我碰到了一个描述无损文本压缩技术的文档，该文档中的图说明了其压缩的工作方式。 它的工作原理如下： 我不明白为什么他们会在移动到前端变换后使用运行长度变换，这对我来说似乎并不有效。 据我了解，MTF本身不会产生很多运行，因此使用RLT后记不会 ...
我尝试过在掘轮机循环字符串数组中旋转一个很大的字符串。 但是我的输入大约是200000个字符，当输入那么大时，由于堆空间不足，我无法运行代码。 我的教授说，实现它的唯一方法是线性内存占用。 我不知道这意味着什么。 我能知道其他什么方法来创建一个高效的循环字符串，并在不耗尽内存 ...
我一直在尝试重新创建Wikipedia上的Burrows-Wheeler转换示例。 为了增加乐趣，我试图通过递归策略来做到这一点。 但是，我陷入了第一步，创建了字符串的所有旋转。 这是我的代码： 这将产生以下输出： 这类似于Wikipedia的示例，但不完全相同，我似乎无法 ...
在转换了“abracdabra！”的输入文本之后，我的变换向量是[3,0,5,6,7,9,10,8,2,1,4]，然后通过更多的转换来传输文本。压缩到磁盘。 关闭程序后，我们显然无法再访问转换向量。 我们是否希望将转换向量写入磁盘？ 矢量的大小实际上不等于n个字符吗？ 这实际上不会增 ...