我有一个看起来像这样的 for 循环，我想将它转换为数组作业。 我想并行运行 100 个作业，但我不完全确定可以在哪里添加${LSB_JOB_INDEX}参数。 欢迎任何帮助或指导！ 感谢您的时间; 任何帮助表示赞赏。 我是LSF的初学者并且很困惑 ...
当我运行这个命令时： 在终端中，所有正在运行的 JOB_NAMES 都即将到来，但是当我在 per_script 中执行此操作时，只有 JOB_ID 即将到来。 Perl 脚本代码如下： Perl 需要改变什么？ ...
我一直无法找到“活动”任务的状态。 我正在使用 JUG 2.1.1，我没有看到该词出现在手册的任何地方，除了在关于“主动等待”的脚注中。 我正在使用 LSF 阵列来运行大量（数十万）分钟长的单核作业。 奇怪的是，虽然工作确实从“就绪”变为“完成”，并且没有一个被列为“失败”或“等待”，但我在 ou ...
我不知道先验的最大工作数量。 因此，当我将其保留为变量时： （我将上面的脚本myjob.lsf ） 并将作业提交为bsub < myjob.lsf ，我得到： 糟糕的工作名称。 作业未提交。 那么有没有一种方法可以在 myjob.lsf 中的myjob.lsf #BSUB -J myjob ...
使用 package lsfsce10.2.0.12-x86_64.tar.gz安装 IBM Spectrum LSF 社区版已安装 IBM Spectrum LSF 10.1 Fix Pack 12 已安装 IBM Spectrum LSF Application Center 10.2 Fix ...
我正在尝试在特定位置使用 bsub 命令提交 10 个作业。 当我运行它时，我不断收到错误 我不确定为什么会出现这样的错误，因为我在最后一行使用 -W 命令明确限制了时间。 有人可以帮我解决这个问题吗？ 谢谢使用前置命令更新 - ...
我有一个 tcl 脚本，它是 IBM 负载共享工具 (lsf) 中的一个模块文件，用于配置一些环境变量并使用exec命令启动 python 脚本。 当模块正常卸载时，所有命令都会运行，但exec命令也会正常运行。 我希望它使exec部分仅在module load运行，而不是在module unlo ...
我正在尝试解析“ypcat -k netgroup”的输出输出看起来像这种格式的许多行： 或有时 我首先尝试使用这个云雀语法： 解析 4000 行需要 60 秒！？ 这似乎很长，所以我写了一个手工编码的解析器： 这花了 0.8 秒。 我究竟做错了什么？ ...
我想要一些有关如何在 HPC 上正确设置复杂作业的帮助。 因此，在我的 python 代码中的某个时刻，我想使用 os.system("bsub -K < mama.sh") 提交作业，我认为 -K arg 实际上会等待作业结束后再继续。 所以现在我想从这个 mama.sh 脚本中调用 5 个 ...
我有一个 python 脚本，它使用 bjobs 提交多个作业。 下面是代码片段 我只想在所有作业完成后打印“已完成运行”。 我该怎么做？ ...
当我运行包含以下行的 Tcl 脚本时： 当作业存在时，它工作正常，但没有作业正在运行，它显示如下错误： 如何避免这个错误？ 请让我知道如何避免此类错误。 ...
所以，我在一个 Linux 集群上运行，有很多计算节点可供选择。 我获得了该节点的独占使用权。 批量提交。 我遇到了限制线程数量的问题。 我应该提到我有一个 parfor 循环。 当我使用 -singleCompThread 选项启动 matlab 时，它似乎不起作用。 我提交了一个有 2 个内核的 ...
我无法访问该作业中已提交的非交互式作业的 JOB-ID。 使用交互式作业时，我可以通过$LSB_JOBID访问作业 ID。 但是该变量不会传播到执行主机。 但是，不同的来源 state，LSB_JOBID 被传播，而其他来源 state，它不是（寻找 -env）。 有什么解决办法吗？ 我的系统为每 ...
我尝试在带有LSF profile 的LSF 上使用 snakemake ，但是在使用通配符时只提交了一项作业。 Submitted job 1 with external jobid '660343 logs/cluster/try_expand/unique/jobid1_4530cab3-d ...
有没有办法用用户指定的值来标记 lsf 中的工作……我以后可以搜索的东西？ 假设我创建了一份工作，我想在我可能正在运行的所有其他工作中找到它。 我不知道它是 job_id，我不知道它是 state，等等...。 但我确实知道，当我创建它时，我用我希望可以搜索的值标记了它。 所以理论上... ls ...
我正在尝试使用 IBM LSF Spectrum bsub 命令触发 Docker 容器。 我使用的操作系统是 RHEL 8.1 我已经启动了 IBM LSF，使用显示“集群名称和主名称”的 lsid 命令检查它是否正在运行。 在 configdir/lsb.params 下我也设置了 docker ...
我有以下阵列作业设置： 工作完成后，这将向我发送 50 封电子邮件，标题中如下所示： 是否可以仅在作业失败时发送 email。 例如，如果第 11、12 和 25 个工作在 50 个工作中失败，我只会收到 3 封电子邮件？ 让我知道是否有任何不清楚的地方。 ...
ngpus_excl_p: Number of GPUs in exclusive process mode, since only one context is allowed per GPU, does this mean that GPU resources are underutiliz ...
为什么不建议在循环中运行squeue以避免 Slurm 过载，但是对于来自 LSF 的bjobs工具或来自 SGE 的qstat没有提到此类限制？ squeue的手册页指出： 表现执行 squeue 会向 slurmctld 发送远程过程调用。 如果来自 squeue 或其他将远程过程调用发送到 ...
我想将蛇形与 LSF 一起使用。 我遵循这个 url 。 我的 Snakefile 包含： 在同一路径中，我有文件 lsf.yaml。 该文件包含： 当我使用以下命令运行它时，它运行正常： 蛇制造 -j 1 当我尝试用 lsf 测试它时失败了。 我跑： snakemake -j 1 --clus ...