我正在尝试运行以下 snakemake 工作流程: https://github.com/snakemake-workflows/rna-seq-star-deseq2 。 我尝试了不同的虚拟环境来运行此工作流程,其中我安装了最新的 snakemake (v7.19.1) 和最新的 mamba (v ...
我正在尝试运行以下 snakemake 工作流程: https://github.com/snakemake-workflows/rna-seq-star-deseq2 。 我尝试了不同的虚拟环境来运行此工作流程,其中我安装了最新的 snakemake (v7.19.1) 和最新的 mamba (v ...
我正在尝试切换到使用 Mamba 进行我的 Python 安装 (Windows 10)。 以前,我一直在使用python.org和 pip 中的安装程序安装pip 。 但是,我有一些一次性脚本,希望能够在默认环境中运行,而不必每次都使用source activate $env 。 最新版本的Ma ...
在我的环境中运行特定的 Python 程序会尝试生成 PDF output,这需要“xelatex”。 我尝试将“xelatex”添加到环境创建命令中: 但这产生了以下错误: 我也试过“乳胶”。 Mamba 文档中似乎没有任何关于添加 xelatex 支持的内容。 这是怎么做到的? ...
我在 Gitlab CI 管道中使用micromamba图像。 我需要使用 apt-get (libgl1-mesa-glx) 安装额外的 package。 使用 miniconda 图像,这是有效的: 使用 micromamba,它不再起作用: 结果是 这可能吗? 或者我是否需要生成自定义 do ...
我正在尝试使用以下命令基于 enviorment.yml 文件创建虚拟环境:“mamba env update -f environment.yml -n cs236781-hw”。 yml 文件包含这部分: 这似乎失败了,因为我在 minicinda 提示符中收到此错误: 我尝试了很多方法来解 ...
问题我正在尝试创建一个 conda 环境,conda/mamba 似乎无法解决 tensorflow 的tensorflow_probability依赖tensorflow 。 更多上下文我正在尝试使用 mamba 创建满足以下要求的 conda 环境: 安装期间一切正常,我最终安装了以下版本: 但 ...
我在我的 mac OS 上安装了 mamba 0.27。 如何升级到 mamba 1.x? 如果我想保留我现有的 mamba 环境和设置,我可以简单地重新安装新版本吗? 我查看了 mamba 的文档,并在 inte.net 中进行了搜索,但没有找到任何“如何升级”信息。 谢谢! ...
我在启用了systemd的 WSL2 Ubuntu 22.04 上使用 mambaforge。 我正在尝试使用以下命令安装启用了 CUDA 的 TensorFlow 2.10: 来自 WSL2 的命令nvidia-smi -q给出: 我的其他环境按预期工作: 然后,它尝试安装 package 版本 ...
我需要测试IceNet 论文中描述的模型,但我在制作 Mamba 环境时遇到了问题。 按照此处所述安装 Mamba 后,如果我运行命令mamba env create --name esports --file environment.yml我收到错误The following arguments ...
关于miniforge和miniconda之间的区别已经有解释 miniforge是社区 (conda-forge) 驱动的简约 conda 安装程序。 因此,后续软件包安装来自 conda-forge 频道。 miniconda是 Anaconda(公司)驱动的简约 conda 安装程序。 随后 ...
由于我无法理解并保持我的 python 环境运行,我完全精神错乱了。 所以: 我有一个在 Miniconda 3 下运行的 python 环境,我通过 environment.yaml 文件进行管理环境用于VSCode内开发它通过conda安装了一堆外部包,然后以可编辑模式安装了我本地的开发包(en ...
我们必须为我们的应用程序使用 micromamba,因为 conda 安装我们的包的速度非常慢。 我们使用 devcontainer 来安装 micromamba 及其包。 这适用于 VS Code 终端,但编辑器仍然找不到我的包。 我只看到一种使用 shell 脚本片段或 shell rc 文件激 ...
我正在尝试通过使用 snakemake 管道来使用 TOBIAS https://github.molgen.mpg.de/loosolab/TOBIAS_snakemake 这是为了主题分析。 我执行以下步骤: 每次我为 wilson.yaml 或 uropa.yaml 或 tools.yaml ...
我在Ubuntu 22.04 LTS安装了mamba(可以看成是conda)。 Ubuntu 在我的 Android 手机的 Termux 应用程序中运行。 在我创建并激活一个新环境mamba create -n general python=3.9 && mamba activ ...
我正在围绕micromamba构建我的 Python 环境。 我想知道如何使用 Anaconda 通道来下载 conda 通道中描述的软件包: https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/concepts/channels.ZF ...
我正在尝试按照教程的说明安装snakemake: 但是在第三行之后我得到了这个错误: ...
我正在尝试使用 Anaconda 安装 SHAP(SHapley Additive exPlanations)以进行机器学习。 我有 3.9 Python 版本。 另外,我已经尝试了所有这些命令,但没有一个起作用: ...
我是一名泰国微生物学家,尝试使用命令行。 我安装了“Windows 上的 Ubuntu 20.04”,然后通过 conda 安装了 bowtie2: 然后检查 bowtie2 的版本。 它是 2.2.5,但我需要 2.4.5。 骗局标签很奇怪,像https://github.com/BenLang ...
我已经按照此处的 Snakemake 最佳实践创建了一个工作流程,其中不同的步骤会激活不同的 Conda 环境。 例如,收集统计信息的规则: 我遇到了错误: 我想知道您是否有解决此问题的建议; 问题似乎是由于 Snakemake 重建环境以运行特定规则的位置的完整路径较长。 任何帮助都会很棒 ...
我最近切换到 mamba 作为包安装程序,现在正在尝试将 h3-py 安装到环境中。 我尝试了几种方法,首先使用: 但后来它说 如果我尝试使用 conda (conda install h3-py) 安装它,我会遇到类似的问题,它会返回: 我还尝试了最后使用 -c conda-forge ...