Snakemake 展开 function 您好，我有一个列表列表，例如： 我如何在Snakemake中使用扩展来创建 4 个 arguments，例如： 到目前为止，我尝试过； ...
我一直在尝试通过导入如下所示的制表符分隔文件来手动创建蛇形通配符： 数据集样本物种 frr PRJNA493818_GSE120639_SRP162872 SRR7942395_GSM3406786_sAML_Control_1 Homo_sapiens 1 PRJNA493818_GSE1206 ...
我有一个调用snakemake程序的蛇形规则，python 程序的 output 依赖于通过的 ZDBC11CAA5BDA99F77E6DEDB7。 当某个参数被传递（布尔值）或未传递时，我想让snakemake了解预期的 output 之间的差异。 我当前的解决方案是根据 arguments 的 ...
在定义分散收集规则的 Snakemake 文档中，scattergather 指令是全局设置的。 是否可以为每个规则设置特定的？ 即规则a 拆分为例如8，规则b 拆分为例如4？ ...
I have an R script in my workflow that requires the number of entries on several csv files ( a.csv , b.csv , c.csv ; formatted with headers) as a val ...
在我的蛇形管道中，我试图检索正确的通配符。 我已经查看了 wildcard_constraints 以及这篇文章和这篇文章，但是我无法找出确切的解决方案。 这是 2 个数据集中的文件名示例。 一个数据集包含配对的小鼠 RNAseq 读取文件，另一个数据集包含人类配对的 RNAseq 读取文件。 ...
我正在尝试重命名snakemake 管道中的一些文件。 假设我有三个文件： "FileA.txt" ， "FileB.txt" ， "FileC.txt"我希望它们根据字典重命名dict = {"A": "0", "B": "1", "C": "2"}得到"RenamedFile0.txt" 、 " ...
我有一个位于不同子文件夹中的输入文件列表，每个文件夹都有不同数量的文件，带有两个通配符 SAMPLE 和 id。 对于输出，这些名称也将出现： SAMPLE=set(["x","y","z"]) with open(config["path"]+"barcodes.txt") as f: i ...
我有两个变量，我想分别连接“BOB”和“LISA”的所有 .tab 文件。 如何在蛇形制作中做到这一点？ 通过如下所示的expand ，它将 BOB 和 LISA 的所有选项卡文件连接在一起。 ...
如何指定glob_wildcards获得的文件？ 假设我有 sample1.txt、sample2.txt、sample3.txt 和 sample4.txt 在同一个目录中。 以下代码只是一个示例： FILES = glob_wildcards("data/{sample}.txt") SAM ...
我有两个表说 SAMPLE_CODE 和 SAMPLE_CODE_TYPE 以及几个表。 SAMPLE_CODE 中有 21 行，SAMPLE_CODE_TYPE 中有 4 行。 两个表都有类似的列，比如 code_type STRING。 除此之外，所有列架构都不同。 当我查询 SELECT * ...
我的 Snakefile 有两条规则：一条使用通配符生成多组文件，另一条将所有内容合并到一个文件中。 我是这样写的： 不幸的是，这不允许我跟踪从第一条规则到第二条规则的文件： 我可以使用什么来生成generate中带有通配符chr的 22 组文件，但能够在merge的输入中跟踪它们？ 预先感谢您的帮 ...
假设我在 Bash 中有以下内容： 当我检查文件.env的内容时，路径仍然包含通配符。 假设只有一个匹配项，如何确保通配符扩展为路径，以便回显时文件中不存在通配符？ ...
我对以下规则有疑问。 如果我做： 然后，在创建README文件时，我会得到： 但是现在，我想应用该规则并对以 README 开头的每个文件名执行相同的操作（例如README_something 、 README_important ）。 为此，我试图提出： 但它不显示为上图（只有白色）。 如何使用 ...
我对编写 bash 脚本非常陌生。 这个问题可能很基础，但我还没有找到明确的答案。 我正在 Windows 10 上安装 Ubuntu 子系统。 我正在运行一个包含以下条件的脚本： 当它遇到没有.txt 文件的目录（ dir变量）时会遇到问题，但我不太了解问题的本质。 我确实知道问题出在head命令 ...
我写了一个必须显示主要参数的代码，但是当我编译它并输入“*”时，程序显示了我的文件结构。 cmd 中的命令如下所示： program.exe 1 2 3 * 结果是： 我的问题：是否可以强制程序打印“*”而不是列出文件。 ...
我创建了一个网站（Nginx）并且一切正常，除了当我尝试浏览子域时，似乎甚至子域前缀也受到威胁，就像“www”一样，因为它总是指向主域，除非我添加端口号. 例如：example.com => 带我到主页。 都好 sub.example.com => 带我到主页。 不好 sub.ex ...
一个简单的例子： mybin *.txt将扩展为mybin a.txt b.txt c.txt 但我正在寻找一个简单的解决方案来扩展到类似的内容： mybin --conf a.txt --conf b.txt --conf c.txt 。 有没有内置来做到这一点？ 最简单的方法是什么？ ...
如何根据匹配的通配符模式的字面量对文件名进行大小写规范化？ 考虑以下文件名： 它们都符合以下通配符模式： 请注意，模式的文字成分（例如QUERTY_ .csv ） 与上面列表中的匹配文件（例如QwErTY ， .CsV ） QwErTY .CsV 。 我想重命名匹配的 ...
我在CRC模式和min_infix_length = 1下使用了狮身人面像，我想在关键字的字符之间使用通配符搜索。 假设我的索引文件中有一些这样的数据： 当我搜索所有记录时，它们的名称以'mick'开头并以'l'结尾： 我希望结果应该是这样的： 但什么也没回来。 我怎 ...