在Java中为字符分配值

Question

我有ACTG--CAGTG--CA之类的序列，我存储在一个文本文件中。 如果文件中有-我想分配值0并显示0而不是i，并且G，A，T，C等于1,2,3,4

import java.io.*;
public class file
{
  public static void main(String args[]) throws Exception
   {
      FileReader fr=new FileReader("TESTDATA_HPV_34_1.txt");
      BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
      String s;
     while((s=br.readLine())!=null)
      {
        System.out.println(s);

      }

   }
}

Answer 1

您可以使用String的replace()实例方法。

String newString = s.replace("-", "0");

您也可以将它们链接在一起。

newString = s.replace("G","1").replace("A","2").replace("T","3").replace("C","4");

replace返回一个带有replace的新字符串，因为String是一个不可变的类。

如果您的测试数据非常大（我的意思是非常大），那么可能值得编写自己的replace方法，该方法仅在字符串中循环一次并替换每个字符。 测试并查看仅使用几个替换项是否存在性能问题。

Answer 2

您可以如下设置地图：

Map<Character, Integer> map = new HashMap<Character, Integer>(5);
map.put('-', 0);
map.put('G', 1);
map.put('A', 2);
map.put('T', 3);
map.put('C', 4);

现在，您可以执行以下操作：

String dna = "A C T G - - C A G T G - - C A";

StringBuilder result = new StringBuilder(dna.length());
for (int i = 0; i < dna.length(); i++) {
    char c = dna.charAt(i);

    if (map.containsKey(c))
        result.append(map.get(c));
    else
        result.append(c);
}

System.out.println(result);

2 4 3 1 0 0 4 2 1 3 1 0 0 4 2

Answer 3

readLine给您一行为String

0）使用键G，A，T，C和值1,2,3,4创建地图

1）从字符串行获取字符数组

2）创建一个变量charVal

3）遍历字符数组

4）对于每个字符，将charVal初始化为0，从map中获取该char的值，并将其分配给charVal

5）打印charVal

PS：正确关闭资源

Answer 4

正如Sotirios所说，请使用Map将键绑定到其相应的值。 您可以对该Map进行迭代，然后将replace()应用于您拥有的String（对不起，格式不正确）：

import java.io.*;
public class file
{
  public static void main(String args[]) throws Exception
   {
      Map<Character, Character> replacements = new HashMap<Character, Character>();
      replacements.put('-', '0');
      replacements.put('G', '1');
      // ....
      FileReader fr=new FileReader("TESTDATA_HPV_34_1.txt");
      BufferedReader br=new BufferedReader(fr);
      String s;
      while((s=br.readLine())!=null) {
          for ( Map.Entry<Character, Character> entry : replacements.entrySet() ) {
              s = s.replace(entry.getKey(), entry.getValue());
          }
        System.out.println(s);

      }

   }
}

正如Cemafor所说，如果您担心性能，那么也许应该使用String.replaceAll()一次进行所有替换。