从Matrix文件读取坐标而没有2D数组？

Question

我目前正在开发一个程序（生物信息学项目），该程序涉及读取多个文件（包括矩阵）并将结果输出到另一个文件中。 我最麻烦的是我将如何像坐标系一样读取矩阵文件（因为缺少更好的术语）？ 有没有使用2D数组的简单方法？ 例如，如果我的氨基酸如下：

文件A：CTTNCLAPLA文件B：CTTNSITPVA

然后，程序将读取两个文件，比较每个字母，然后参考矩阵以找到与两个字母相对应的数字，这反过来又确定了fileA中的字母突变为fileB中的字母的概率。

由于每个文件的第一个字母为C，因此程序将读取矩阵并在单独的文件中输出：

C T T N C L A P L A
| | | | . : : | : |
C T T N S I T P V A

“。” 表示根据矩阵的数字为0，但不是相同的字母“ |” 表示字母相同，“：”表示数字大于零，但字母不同。

这是矩阵的一部分（其余部分不适合）：注意：我必须使用的矩阵位于.csv文件中，并且不包含空格。

_, A, R, N, D, C
A, 2,-2, 0, 0,-2 
R,-2, 6, 0,-1,-2
N, 0, 0, 2, 2,-4
D, 0,-1, 2, 4,-5
C,-2,-4,-4,-5,12

如果我的解释令人困惑，我深表歉意。 如果需要任何说明，请告诉我。 任何帮助是极大的赞赏。 提前致谢！

Answer 1

为了避免使用2D数组，您可以将1D数组与线性索引一起使用，并实现便捷帮助器功能以将2D坐标转换为线性数组索引-像这里对称矩阵中的线性索引

Answer 2

我只是创建一个类/结构，然后创建一个对象数组。 这将消除您对2D阵列的需要。