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Perl:%hash中的undef值-为什么?

[英]Perl: undef value in %hash — why?

下午好。 我正在将一些键和值写入%hash中,但是我一直在获得似乎无法解释的undef值。

my @maxent_unchanged = <FILE1>; 
close FILE1;
chomp (@maxent_unchanged);

my @NM;
my @max_score_unchanged;
foreach my $line(@maxent_unchanged) {

  if ($line =~ m/[a-z]/i) {
    push (@NM, $line);
  }
  else { 
    push (@max_score_unchanged, $line);
  }
}

my %max_unchanged;
my $i = 0;
foreach my $lines(@maxent_unchanged) {
  $max_unchanged{$NM[$i]} = $max_score_unchanged[$i]; ##maxent score for unchanged seq
  $i++;
}

放在上下文中,@maxent_unchanged在@NM和@max_score_unchanged之间交替如下:

$VAR1 = 'TTAAGGCAGCCCACCCGCAGGCT        >       1       110740688       110740688       C       T       GCCTGGGCGGGGAGGGCTGTCACAGTGCCGGCAGCAGCCCTTAAGGCAGC[C]CACCCGCAGGCTGCCGAGCGCTACCTGTATTTCCCCAACTGGGCCATGGC splicing  splicing        SLC6A17:NM_001010898:exon12:c.1816-10C>T';
$VAR2 = '0.77';
$VAR3 = 'TTCTATCCTTTGTTTTACAGGAA        >       1       111857154       111857154       T       C       TTAAATGGAGGGAGTCCTGACTTTTGAAGTTTATCTGTTTCTATCCTTTG[T]TTTACAGGAACAGCCAGCTGAAAACTCTCCTGGCCATTGGAGGCTGGAAC splicing  splicing        CHIA:NM_201653:exon5:c.258-8T>C';
$VAR4 = '10.99';

因此,它(@maxent_unchanged)的行数是@NM和@max_score_unchanged的两倍。 我已经检查过了,它是正确的。

如果我对@NM和@max_score_unchanged进行数据转储,则会得到相同数量的变量,但是当我将它们放入%hash时,会得到一个额外的键值对,如数据转储哈希所示。

$VAR1 = '';
$VAR2 = undef;
$VAR3 = 'TTTTATTAATTCCTTTGTAGAAC        >       6       144835040       144835040       T       C       TATCATCTTAAATATTTCATATGGTTATGTAAGCATTTTATTAATTCCTT[T]GTAGAACCATCAGAACCAGCTAGAAATATTTGATGGGAACGTGGCTCACA splicing  splicing        UTRN:NM_007124:exon35:c.4945-5T>C';
$VAR4 = '8.22';
$VAR5 = 'TCTTTTTTGGACATGTACAGAGC        >       10      97127462        97127462        C       A       AGGAGTCTCTGAAGAAATTTCCGGAGTAGGGCTGATGGCTGAGCTCTGTA[C]ATGTCCAAAAAAGAAAAAAAAGAAGAAAAAAATAATGTAGATGATTTATT splicing  splicing        SORBS1:NM_001034957:exon13:c.1024-6G>T,NM_001034955:exon21:c.1972-6G>T,NM_001034956:exon18:c.1459-6G>T,NM_006434:exon13:c.1024-6G>T,NM_015385:exon17:c.1420-6G>T,NM_001034954:exon21:c.1906-6G>T,NM_024991:exon17:c.1147-6G>T';
$VAR6 = '4.43';

我的密钥是唯一的,所以我知道这不是问题。 有什么想法吗?

其次,由于要删除空的哈希键和值,该怎么办?

非常感谢您的耐心配合和提前帮助,E

在此循环中,您要遍历@maxent_unchanged但应该遍历@max_score_unchanged

foreach my $lines(@max_score_unchanged) {
  $max_unchanged{$NM[$i]} = $max_score_unchanged[$i]; ##maxent score for unchanged seq
  $i++;
}

@maxent_unchanged是您将所有数据加载到的内容,因此它的行数是@NM@max_score_unchanged

如果use strict; use warnings ,您将在运行时看到此错误:

Use of uninitialized value within @NM in hash element at test.pl line 25, <DATA> line 4.
Use of uninitialized value within @NM in hash element at test.pl line 25, <DATA> line 4.

这将指向正确的行。 您可以添加print "$i\\n"; 到该循环以查看它经历了多少次,并将其与@NM@max_score_unchanged的长度进行比较。

我建议您在代码中使用适当的缩进以使其更具可读性。


例:

use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

my @maxent_unchanged = <DATA>;
chomp (@maxent_unchanged);

my @NM;
my @max_score_unchanged;

foreach my $line(@maxent_unchanged) {
    if ($line =~ m/[a-z]/i) {
        push (@NM, $line);
    }
    else { 
        push (@max_score_unchanged, $line);
    }
}

my %max_unchanged;
for (my $i = 0; $i < @max_score_unchanged; $i++ ) {
    $max_unchanged{$NM[$i]} = $max_score_unchanged[$i]; ##maxent score for unchanged seq
}

print Dumper \%max_unchanged;

__DATA__
TTAAGGCAGCCCACCCGCAGGCT        >       1       110740688       110740688       C       T       GCCTGGGCGGGGAGGGCTGTCACAGTGCCGGCAGCAGCCCTTAAGGCAGC[C]CACCCGCAGGCTGCCGAGCGCTACCTGTATTTCCCCAACTGGGCCATGGC splicing  splicing        SLC6A17:NM_001010898:exon12:c.1816-10C>T
0.77
TTCTATCCTTTGTTTTACAGGAA        >       1       111857154       111857154       T       C       TTAAATGGAGGGAGTCCTGACTTTTGAAGTTTATCTGTTTCTATCCTTTG[T]TTTACAGGAACAGCCAGCTGAAAACTCTCCTGGCCATTGGAGGCTGGAAC splicing  splicing        CHIA:NM_201653:exon5:c.258-8T>C
10.99

我还举了一个示例,说明如何在for循环中使用索引进行迭代,而不是使用foreach循环,因为您在任何地方都不使用$lines


输出:

$VAR1 = {
          'TTAAGGCAGCCCACCCGCAGGCT        >       1       110740688       110740688       C       T       GCCTGGGCGGGGAGGGCTGTCACAGTGCCGGCAGCAGCCCTTAAGGCAGC[C]CACCCGCAGGCTGCCGAGCGCTACCTGTATTTCCCCAACTGGGCCATGGC splicing  splicing        SLC6A17:NM_001010898:exon12:c.1816-10C>T' => '0.77',
          'TTCTATCCTTTGTTTTACAGGAA        >       1       111857154       111857154       T       C       TTAAATGGAGGGAGTCCTGACTTTTGAAGTTTATCTGTTTCTATCCTTTG[T]TTTACAGGAACAGCCAGCTGAAAACTCTCCTGGCCATTGGAGGCTGGAAC splicing  splicing        CHIA:NM_201653:exon5:c.258-8T>C' => '10.99'
        };

您是否真的需要将数据复制到多个阵列中? 在脚本的其他地方被使用。 如果没有,那么我将在遍历文件句柄时简单地构建哈希。

use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

my %max_unchanged;

while (my $line = <DATA>) {
    chomp $line;
    if ($line =~ /^[ACGT]/) {
        chomp(my $value = <DATA>);
        $max_unchanged{$line} = $value;
    }
}

print Dumper \%max_unchanged;

__DATA__
TTAAGGCAGCCCACCCGCAGGCT        >       1       110740688       110740688       C       T       GCCTGGGCGGGGAGGGCTGTCACAGTGCCGGCAGCAGCCCTTAAGGCAGC[C]CACCCGCAGGCTGCCGAGCGCTACCTGTATTTCCCCAACTGGGCCATGGC splicing  splicing        SLC6A17:NM_001010898:exon12:c.1816-10C>T
0.77
TTCTATCCTTTGTTTTACAGGAA        >       1       111857154       111857154       T       C       TTAAATGGAGGGAGTCCTGACTTTTGAAGTTTATCTGTTTCTATCCTTTG[T]TTTACAGGAACAGCCAGCTGAAAACTCTCCTGGCCATTGGAGGCTGGAAC splicing  splicing        CHIA:NM_201653:exon5:c.258-8T>C
10.99

马特正确指出了您出现问题的原因。 实际上,在这种情况下最好遍历索引列表 ,像这样

my %max_unchanged;
for my $i (0 .. $#max_score_unchanged) {
  $max_unchanged{$NM[$i]} = $max_score_unchanged[$i];
}

或者你甚至可以像这样使用map

my %max_unchanged = map {
  $NM[$_] => $max_score_unchanged[$_];
} 0 .. $#max_score_unchanged;

但是最后,没有明确的理由将文件分成两个数组,您可能更喜欢程序更简洁的版本,可以达到相同的目的。 它期望输入文件作为命令行上的参数。

use strict;
use warnings;

my %max_unchanged;
while (my $key = <>) {
  next unless $key =~ /[a-z]/;
  chomp $key;
  chomp($max_unchanged{$key} = <DATA>);
}

use Data::Dump;
dd \%max_unchanged;

给定您的样本输入数据, %max_unchanged最终看起来像这样

{
  "TTAAGGCAGCCCACCCGCAGGCT        >       1       110740688       110740688       C       T       GCCTGGGCGGGGAGGGCTGTCACAGTGCCGGCAGCAGCCCTTAAGGCAGC[C]CACCCGCAGGCTGCCGAGCGCTACCTGTATTTCCCCAACTGGGCCATGGC splicing  splicing        SLC6A17:NM_001010898:exon12:c.1816-10C>T" => 0.77,
  "TTCTATCCTTTGTTTTACAGGAA        >       1       111857154       111857154       T       C       TTAAATGGAGGGAGTCCTGACTTTTGAAGTTTATCTGTTTCTATCCTTTG[T]TTTACAGGAACAGCCAGCTGAAAACTCTCCTGGCCATTGGAGGCTGGAAC splicing  splicing        CHIA:NM_201653:exon5:c.258-8T>C"          => 10.99,
}

暂无
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