在neo4j中上传CSV

Question

我正在尝试通过以下命令将以下csv（ https://www.dropbox.com/s/95j774tg13qsdxr/out.csv?dl=0 ）文件上传到neo4j

LOAD CSV WITH HEADERS FROM
  "file:/home/pavan637/Neo4jDemo/out.csv"
  AS csvimport
match (uniprotid:UniprotID{Uniprotid: csvimport.Uniprot_ID})

merge (Prokaryotes_Proteins: Prokaryotes_Proteins{UniprotID: csvimport.DBUni, ProteinID: csvimport.ProteinID, IdentityPercentage: csvimport.IdentityPercentage, AlignedLength:csvimport.al, Mismatches:csvimport.mm, QueryStart:csvimport.qs, QueryEnd: csvimport.qe, SubjectStrat: csvimport.ss, SubjectEnd: csvimport.se, Evalue: csvimport.evalue, BitScore: csvimport.bs})

merge (uniprotid)-[:BlastResults]->(Prokaryotes_Proteins)

为了与先前加载的CSV的“ Uniprot_ID”匹配，我在LOAD CSV命令中使用了“ match”命令。

我首先用以下密码加载了ReactomeDB.csv（ https://www.dropbox.com/s/9e5m1629p3pi3m5/Reactomesample.csv?dl=0 ）

    LOAD CSV WITH HEADERS FROM
  "file:/home/pavan637/Neo4jDemo/Reactomesample.csv"
  AS csvimport
merge (uniprotid:UniprotID{Uniprotid: csvimport.Uniprot_ID})

merge (reactionname: ReactionName{ReactionName: csvimport.ReactionName, ReactomeID: csvimport.ReactomeID})

merge (uniprotid)-[:ReactionInformation]->(reactionname)

成功进入neo4j。

稍后我上传out.csv

在这两个CSV文件中，均显示Uniprot_ID列，其中一些ID相同。 尽管一些Uniprot_ID很常见，但neo4j不返回任何行。

任何解决方案预先感谢

帕万·库玛·阿鲁里

Answer 1

几点提示：

• 仅对MERGE使用ONE标签和ONE属性
• 用ON CREATE SET ...设置其他人ON CREATE SET ...
• 尝试分别创建节点和关联，否则可能会遇到内存问题
• 您应该与拼写以及属性和标签的大写/小写字母保持一致，否则，您将花费数小时进行调试（标签，rel类型和属性名称区分大小写）
• 您可能不需要合并关系，创建应该很好

您的声明：

CREATE CONSTRAINT ON (up:UniprotID) assert pp.Uniprotid is unique;
CREATE CONSTRAINT ON (pp:Prokaryotes_Proteins) assert pp.UniprotID is unique;

USING PERIODIC COMMIT 10000
LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file:/home/pavan637/Neo4jDemo/out.csv" AS csvimport
merge (pp: Prokaryotes_Proteins {UniprotID: csvimport.DBUni})
  ON CREATE SET pp.ProteinID=csvimport.ProteinID, 
                pp.IdentityPercentage=csvimport.IdentityPercentage, ...
;

LOAD CSV WITH HEADERS FROM "file:/home/pavan637/Neo4jDemo/out.csv" AS csvimport
match (uniprotid:UniprotID{Uniprotid: csvimport.Uniprot_ID})
match (pp: Prokaryotes_Proteins {UniprotID: csvimport.DBUni})
merge (uniprotid)-[:BlastResults]->(Prokaryotes_Proteins);