[英]Perl compilation error
很抱歉,如果它看起来很明显,但是我在Perl和编程领域还很陌生,我已经工作了一个多星期,无法完成。 我的想法很简单。 我有一个.csv,第一列中有名称,第二列中是-1到1,第三列是一个位置。 然后是另一个我有名字的文件(行以>开头)和每行80个字符的信息。
我要做的是保留第一个文件的名称行,并抓住从-20到+60的“位置”。 但是我无法使其正常工作,而且我已经到达了一个不知道要遵循的地方。
use strict; #read file line by line
use warnings;
my $outputfile = "Output1.txt";
my $filename = "InputP.txt";
my $inputfasta = "Inputfasta.txt";
open my $fh, '<', $filename or die "Couldn't open '$filename'";
open my $fh2, '>', $outputfile or die "Couldn't create '$outputfile'";
open my $fh3, '<', $inputfasta or die "Couldn't open '$inputfasta'";
my $Psequence = 0;
my $seqname = 0;
while (my $line = <$fh>) {
chomp $line;
my $length = index ($line, ",");
$seqname = substr ($line, 0, $length);
my $length2 = index ($line, ",", $length);
my $score = substr ($line, $length +1, $length2);
my $length3 = index ($line, ",", $length2);
my $position = substr ($line, $length2 +1, $length3);
#print $fh2 "$seqname"."\t"."$score"."\t"."$position"."\n"; }
my $Rlength2 = index ($score, ",");
my $Rscore = substr ($score, 0, $Rlength2);
#print "$Rscore"."\n";}
while (my $linea = <$fh3>){ #same order.
chomp $linea;
if ($linea=~/^>(.+)/) {
print $fh3 "\n"."$linea"."\n"; }
else { $linea =~ /^\s*(.*)\s*$/;
chomp $linea;
print $fh3 "$linea". "\n"; }
}
if ($Rscore >= 0.5){
$Psequence = substr ($linea, -20, 81);
print "$seqname"."\n"."$Psequence";}
}
请学习正确缩进代码。 然后错误将更加明显:
while (my $linea = <$fh3>){ #same order.
chomp $linea;
if ($linea =~ /^>(.+)/) {
print $fh3 "\n$linea\n";
} else {
# Commented out as it does nothing.
# $linea =~ /^\s*(.*)\s*$/;
# chomp $linea;
print $fh3 "$linea\n";
}
}
if ($Rscore >= 0.5){
$Psequence = substr $linea, -20, 81;
print "$seqname\n$Psequence";
}
$linea
仅存在于while循环中,但是您也尝试在以下段落中使用它。 循环结束后,变量消失。
从CSV创建哈希,其中键为名称,值为位置。
use Text::CSV_XS qw( );
my %pos_by_name;
{
open(my $fh, '<', $input_qfn)
or die("Can't open $input_qfn: $!\n");
my $csv = Text::CSV_XS->new({ auto_diag => 1, binary => 1 });
while (my $row = $csv_in->getline($fh)) {
$pos_by_name{ $row->[0] } = $row->[2];
}
}
然后,这只是从另一个文件中提取名称,然后使用哈希查找关联位置的问题。
open(my $fh, '<', $fasta_qfn)
or die("Can't open $fasta_qfn: $!\n");
while (<$fh>) {
chomp;
my ($name) = /^>(.*)/
or next;
my $pos = $pos_by_name{$name};
if (!defined($pos)) {
die("Can't find position for $name\n");
}
... Do something with $name and $pos ...
}
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