使用Java Evolutionary Biology Library（JEBL）分析带有数据的树节点

Question

我正在使用JEBL并且我在API中遇到了绊脚石，因为我无法在任何地方找到非常清晰的文档或示例。

我想要做的是在树中读取带有注释长度和节点注释的分支。 然后我应该能够获取树叶并向上遍历树，在我去的时候检查节点的注释（使用JEBL，遍历很容易，我的问题实际上是注释）。

它们是系统发育树，其中每个节点都是一个物种，注释将标记特定节点上是否存在某些基因，并且可能没有足够的基因使得一个字符串就足够了（例如，如果有三个基因A，B和C可能的节点注释可能是“AB”，“AC”或“”），并且必须允许这是非唯一的（因为两个节点可能具有相同的基因集）。

目前我正在阅读Newick格式的树 - 我可以读取树中的树并且有树枝长度并遍历树，但我不知道如何以有用的方式标记节点（它们必须能够被注释以读取它们的格式，在读入后不以编程方式）：

import java.io.IOException;
import java.io.StringReader;
import java.util.Set;
import jebl.evolution.trees.SimpleRootedTree;
import jebl.evolution.graphs.Node;
import jebl.evolution.io.ImportException;
import jebl.evolution.io.NewickImporter;
import jebl.gui.trees.treeviewer.TreeViewer;
import jebl.evolution.trees.Tree;

public class TreeLoader {  
    public static void main(String[] args) {
        String newick = "(A:0.1,B:0.2,(C:0.3,D:0.4)E:0.5)F;";
        StringReader sr = new StringReader(newick);
        NewickImporter ni = new NewickImporter(sr, true);
        try {
            SimpleRootedTree srt = (SimpleRootedTree) ni.importNextTree();
            Set<Node> leaves = srt.getExternalNodes();
        } catch (IOException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        } catch (ImportException e) {
            // TODO Auto-generated catch block
            e.printStackTrace();
        }           
    }   
    }

我无法看到在Newick表示中包含节点注释以便正确读取的方法。 （我不能使用节点名称（上例中的A，B等），因为它们必须是唯一的）。 我一直在研究Nexus格式，但并不是很了解它。 我下载了Tree Graph以尝试创建适当的Nexus文件，但我无法弄清楚如何根据需要进行注释。 然后我不确定他们是否会以有用的方式被JEBL读入。 我想前进的方法是利用JEBL的Attributable功能（因为Node实现了这个），但我不确定它是如何工作的。

关于如何设置我的Nexus文件和/或如何让JEBL正确读取它们以及如何访问注释的任何建议都将非常感激！

Answer 1

可能是偏离主题，但您是否考虑过使用ETE Toolkit ：

除了一堆功能，例如搜索和遍历，它还可以执行节点注释：

http://etetoolkit.org/docs/latest/tutorial/tutorial_trees.html#node-annotation