使用 OWL API 推理本体

Question

我已经使用 OWL API 4.1.3 来加载我的本体，它并不大。 由于我需要使用推断信息，我还使用 Hermit 1.3.8.413 库进行了推理。 以下代码显示了我是如何做到的。

public class ReasonRDF {

public static void main(String[] args) throws OWLOntologyCreationException, OWLOntologyStorageException {

    readRDF("C:/Users/workspace/Ontology_matching/NVDB_Matching_v18_H_4_1_CONVERTYING/results/NewInstantiated/owl/OSM1.owl");

}
public static void readRDF(String address) throws OWLOntologyCreationException, OWLOntologyStorageException{
    OWLOntologyManager manager =OWLManager.createOWLOntologyManager();
    File file = new File (address);
    OWLOntology ont = manager.loadOntologyFromOntologyDocument(IRI.create(file));
    System.out.println("Ontology Loaded...");

    System.out.println("Logical IRI   : " + ont.getOntologyID());
    System.out.println("Format        : " + manager.getOntologyFormat(ont));
    System.out.println("Runtime memory: " + Runtime.getRuntime().totalMemory());      
      ReasonerFactory reasonerFactory = new ReasonerFactory();
      ConsoleProgressMonitor progressMonitor = new ConsoleProgressMonitor();
      Configuration config = new Configuration();
      config.ignoreUnsupportedDatatypes=true;
      config.reasonerProgressMonitor= progressMonitor;
      OWLReasoner reasoner = reasonerFactory.createReasoner(ont, config);


      long t0 = System.nanoTime();

      System.out.println("Starting to add axiom generators");
      OWLDataFactory datafactory = manager.getOWLDataFactory();
      List<InferredAxiomGenerator<? extends OWLAxiom>> inferredAxioms = new ArrayList<InferredAxiomGenerator<? extends OWLAxiom>>();
      //inferredAxioms.add(new InferredSubClassAxiomGenerator());
      inferredAxioms.add(new InferredClassAssertionAxiomGenerator());
      //inferredAxioms.add(new InferredDataPropertyCharacteristicAxiomGenerator());
      //inferredAxioms.add(new InferredObjectPropertyCharacteristicAxiomGenerator());
      //inferredAxioms.add(new InferredEquivalentClassAxiomGenerator());
      //inferredAxioms.add(new InferredPropertyAssertionGenerator());
      //inferredAxioms.add(new InferredInverseObjectPropertiesAxiomGenerator());         
      inferredAxioms.add(new InferredSubDataPropertyAxiomGenerator());
      inferredAxioms.add(new InferredSubObjectPropertyAxiomGenerator());
      System.out.println("finished adding axiom generators");

//        List<InferredIndividualAxiomGenerator<? extends OWLIndividualAxiom>> individualAxioms= new ArrayList<InferredIndividualAxiomGenerator<? extends OWLIndividualAxiom>>();
//        inferredAxioms.addAll(individualAxioms);

    // for writing inferred axioms to the new ontology
    OWLOntology infOnt = manager.createOntology(IRI.create(ont.getOntologyID().getOntologyIRI().get()+"_inferred"));

      // use generator and reasoner to infer some axioms
      System.out.println("Starting to infer");
      InferredOntologyGenerator iog = new InferredOntologyGenerator(reasoner, inferredAxioms);
      //InferredOntologyGenerator iog = new InferredOntologyGenerator(reasoner);

      System.out.println("Inferrence is over");

      System.out.println("Storing the results");
      iog.fillOntology(datafactory,infOnt);
      System.out.println("Results are stored");
      long elapsed_time = System.nanoTime()-t0;
      System.out.println(elapsed_time);

      // save the ontology
      manager.saveOntology(infOnt, IRI.create("file:///C:/Users/ontologies/NVDB4_test.rdf"));
    }
}

它不会抛出任何错误，但需要永远将推断的本体存储在新文件中。 事实上，即使在 2 天后它也没有完成工作。 我的 IDE 是 eclipse EE，我提供了 6 到 12 GB 的内存来运行这个应用程序。 我的代码或本体找不到任何问题。

有人可以建议优化甚至更好的实现方式或其他api吗？

这是我的本体，以防有人想测试它。

Answer 1

本体的大小仅与推理的复杂性松散相关——对于推理者来说，一些小的本体比其他非常大的本体要困难得多。 （当然也有可能出现错误）。

请问可以分享本体内容吗？

编辑：尝试了本体之后，看起来大小并不重要； 事实证明，本体很难推理。

我曾尝试禁用 SWRL 规则并跳过类断言生成，但仍然遇到了障碍。 对象属性的数量和拓扑结构足以让 HermiT 难以承受。

我已经尝试了 1.3.8.500 版本，以防 OWLAPI 中的任何问题可能已在更新版本中修复； 我得到的唯一重要结果是代码没有运行内存限制。 分配给 VM 的 3 GB RAM 似乎绰绰有余。

与不相交相关的推理似乎要花费大量时间——这并不意外。 考虑是否可以从本体中删除不相交的公理并仍然满足您的要求。

还要考虑通过对 ABox 进行分区来分离个体是否有意义 - 如果存在您确定不相关的个​​体，则最好在多个本体中分离断言。 大量不相关的个​​体可能会导致推理者尝试永远无法提供有用推理的推理路径。