[英]Does SLURM sbatch Automatically Copy User Script Across Nodes?
SLURM(特别是sbatch)是否应该自动将用户脚本(不是作业配置脚本)复制到集群的计算节点执行? 从我的登录节点执行 sbatch 文件后,输出文件是在我的一个计算节点上创建的,但包含以下内容:
ERROR: could not open file /home/pi/slurm.jl
Stacktrace:
[1] include at ./boot.jl:328 [inlined]
[2] include_relative(::Module, ::String) at ./loading.jl:1105
[3] include(::Module, ::String) at ./Base.jl:31
[4] exec_options(::Base.JLOptions) at ./client.jl:287
[5] _start() at ./client.jl:460
我正在使用sbatch julia.sbatch
运行批处理脚本。
朱莉娅.sbatch:
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=4
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --output=julia.out
#SBATCH --job-name=julia-job
julia slurm.jl
或者脚本 (slurm.jl) 应该位于所有节点都可以访问的共享存储上吗?
Slurm 不会将提交脚本以外的文件复制到计算节点。 从快速入门用户指南:
Slurm 不会自动将可执行文件或数据文件迁移到分配给作业的节点。 文件必须存在于本地磁盘或某些全局文件系统(例如 NFS 或 Lustre)中。
在大多数集群上, /home
目录是在每个登录节点和计算节点上共享的 NFS 文件系统。
您可以在脚本中使用sbcast
将文件复制到节点。
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=4
#SBATCH --ntasks=4
#SBATCH --time=00:15:00
#SBATCH --output=julia.out
#SBATCH --job-name=julia-job
sbcast slurm.jl slurm.jl
julia slurm.jl
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